本题核心内容是：燕王起兵攻占南京，夺取帝位
找到本题主干后，就可以知道本题答案是C-实行了分封制
A实行了内阁制：内阁制是取代丞相辅政制而存在的产物，明初朱元璋为了加强中央集权，以丞相胡惟庸谋反为契机，取消丞相，权分六部。但此时并未形成内阁，明朝内阁始于明成祖朱棣（就是题目中这个起兵的燕王），目的是为了协助皇帝并成为皇帝的私人参谋，因此，朱棣起兵时，内阁并未形成，直到朱棣做了皇帝后才形成内阁制。
B设立了军机处：军机处就更在后面了，军机处的形成始于清雍正帝年间，雍正即位后，为了加强中央集权，改朝议为军机处，军机处的官员实际上成了皇帝私人秘书，主要是和皇帝商议各类政策，但更多的是听皇帝的命令并执行，军机处官员职务并不高，但因为大多由皇室，中堂，尚书等高官兼任，因此军机处也分军机大臣（多数都是兼职）和军机处专属官吏--例如雍正朝军机大臣包括八贝勒，十三贝勒，康熙朝老臣张廷玉，皇舅隆科多等，乾隆朝军机大臣如户部尚书和珅等，而后来康有为是军机章京，虽然是专属的军机处官员，但品级和前面那些一品军机大臣完全不可比。因此，明朝并没有军机处制度。
D郡县制受到了挑战：恰恰相反，自秦朝设立郡县制后，历朝历代君主都在强化郡县制，打击分封制，以加强中央集权--朱棣以“清君侧”为名起兵，然而朱棣称帝后，却汲取诸侯尾大不掉的教训，后历代明皇都在实行“削藩”的策略，到明朝中后期，各地王爷清福有余而实权全无，大权掌握在内阁和六部手中，诸侯完全被架空，而诸侯的架空意味着郡县官吏取代诸侯治理地方，因此，朱棣起兵后并不是对郡县制的挑战，恰恰是因为朱棣靠起兵称帝，反而在后来促进了郡县制的发展。另有一点，明清时代是中国古代封建专制发展到顶峰的时代，而郡县制有利于专制君主统治地方，因此可以说这个时代，郡县制进一步强化，而分封制逐渐衰落，到明朝后期和清朝中后期，分封的诸侯王几乎没有什么实权，大权完全掌握在皇帝手中。
因此，本题的答案是C，而且C的选项也切合本题主干题意。
追问分封制不是自西周以后就没有实行了吗？，秦朝都开始实行郡县制了
追答分封制纵观整个封建王朝都没有彻底消亡过，秦王朝设立郡县制的同时，分封制并没有终结，项羽，刘邦灭秦时，不还有赵国，齐国等封国么？韩信灭齐事件，齐这时候就是秦的一个封国。
不过自秦以后，狭义的分封制基本就算结束了（特指拥有独立主权的分封），而广义上分封制依然存在，即“分而封国”，汉朝汉文帝就是代王出身，也就是封国的诸侯王，西晋时有“八王之乱”，明朝燕王朱棣起兵。只是分封到后来，皇权不断加强，重点对诸侯进行打击，到明朝后期，之国的诸侯实际上只有食邑和地位，却没有实权了，也无力和中央抗衡