我去年12月9号下班途中发生的车祸，已经认定为工伤，第一次认定的停工留薪期为8个月。
今天5月初出院，公司一直想让我回去上班，8月初的时候新的停工留薪期认定还没有下来，公司说不回去上班就要辞退我，所以我只能回去了，回去以后9月初，新的停工留薪期认定下来了，说是可以延长3个月。也就是到今年的11月8号。
我的问题是这样的：
1.没上班那段时间公司只发给我基本工资了，所有补助都停了，这样合法么？
2.虽然现在我上班了（我的伤在腿上，但是工作中基本不用站着，所以凑合还能上班），但是我还需要去治疗什么的，公司要扣钱，这样合法么？
3.停工留薪期马上又要到期了，我已经申请了延期，但是我看了法律条文，停工留薪期最长12个月，现在已经过了11个月了，也就是说这次如果劳动局批准了也就只有一个月的时间，可是我今后还需要治疗，这时候公司如果扣钱合法么？
4.是不是12个月以后就一定要去做劳动能力鉴定呢？
看了大家的回答，我好像明白了一点，但是我的情况又比大家说的复杂，我现在已经回公司上班了（这点是我不好，不懂法），现在他们又说因为治疗占用工作时间要扣钱，加上新的停工留薪期认定还没有下来，我该怎么办？？
以下是我想到的几个结果
1.劳动仲裁？这个我以前和一个单位仲裁过，劳动局基本就是和稀泥，效果不是特别好
2.辞职？不知道领导是什么意图，如果是他想辞掉我就不乐观。可是现在这样我也没办法继续呀~~（医生的工作时间和我们一样，唉，囧）
3.忍气吞声？难道就没有更好的可以保护自己的方法了么？
摆脱懂法的各位帮我想一个万全之策吧，真头疼
请问：
1.我申请延长停工留薪期是因为还没有做二次手术嘛~~腿上的钢板要拆完以后才能评定劳动能力伤害等级的是不是？
2.如果现在劳动局不再批准我申请的延长停工留薪期了，是不是现在就要做鉴定呢？
3.鉴定以后如果还需要进行治疗，比如做二次手术这种，公司扣钱是不是合法呢？
4.如果这次批准我的延长申请了，我做二次手术公司就不能扣钱了对不对？
1、是的，很多地方的劳动部门都要求做内固定手术的要等取出固定物手术后才能申请劳动能力鉴定。
2、如果现在劳动局不再批准你延长停工留薪期的申请，停工留薪期满应该申请劳动能力鉴定。但如果当地劳动部门规定你这种情况要等拆钢板后才能做鉴定，劳动部门会告诉你。所以，如果停工留薪期满，你可以申请鉴定，然后听从劳动部门安排就可以了。
3、如果鉴定以后还需要治疗，比如二次手术或者其他后续治疗，继续享受工伤医疗待遇，二次手术，还有如果工伤复发还要确定停工留薪期，在停工留薪期内享受原工资福利待遇，如果公司扣钱当然不合法。
4、这次延长停工留薪期的申请批准不批准，和你二次手术扣钱还是不扣钱没有关系。二次手术是为了拆第一次手术的钢板，都是治疗工伤所必须的，就是延长不被批准，停工留薪期满了以后再做二次手术，还要确定停工留薪期，在停工留薪期内单位不能扣钱。