清朝京师大学堂时期
孙家鼐（1898年7月—1900年春）
许景澄（1899年7月—1900年7月）
张百熙（1902年1月—1904年2月）
张亨嘉（1904年2月—1906年2月）
李家驹（1906年2月—1907年7月）
朱益藩（1907年7月—1907年12月）
刘廷琛（1907年12月—1910年9月）
中华民国北洋政府国立北京大学时期
严复 （1912年2月—1912年10月）
何燏时（1912年12月—1913年11月）
胡仁源（1913年11月—1916年12月）
蔡元培（1916年12月—1927年8月）
刘哲 （1927年8月—1928年6月）
中华民国国民政府国立北京大学时期
李煜瀛（1928年6月—1929年1月）
陈大齐（1929年1月—1929年8月）
蔡元培（1929年9月—1930年12月）
蒋梦麟（1930年12月—1937年7月）
日本控制北平时期
汤尔和（1939年1月—1940年3月）
钱稻孙（1940年3月—1945年10月）
中华民国国民政府恢复管治时期
傅斯年（1945年10月—1946年8月）
胡适 （1946年9月—1948年12月）
中华人民共和国时期校长
汤用彤（1949年5月—1951年9月）
马寅初（1951年6月—1960年3月）
陆平 （1960年3月—1966年6月）
张承先（1966年6月1日—1966年7月26日）（北京大学文化大革命工作组组长）
聂元梓（1966年7月28日—1966年9月）（北京大学文化革命委员会筹备委员会主任）
聂元梓（1966年9月11日—？）（北京大学文化革命委员会主任）
杨德中（1969年9月27日—？）（北京大学革命委员会主任）
周培源（1978年7月—1981年3月）
张龙翔（1981年5月—1984年3月）
丁石孙（1984年3月—1989年8月）
吴树青（1989年8月—1996年8月）
陈佳洱（1996年7月—1999年11月）
许智宏（1999年11月—2008年11月）
周其凤（2008年11月—2013年3月）
王恩哥（2013年3月—至今）
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