直到1543年，葡萄牙船员登陆后，日本才闻名于欧洲，尽管13世纪末叶，马可·波罗从中国回去时，带回了一个关于有日本存在的报告。虽然如此，直到1660年前，尚未出版过一幅较好的日本海图，连今天所通用的“日本海”这个名称，也是到1815年才有。这是俄国航海家A·J·v·克鲁森斯特思给这个海取的名字。
据了解，这一争议海域的名称是引发韩日两国关系起波折的几个问题之一。日本于1910年起殖民统治朝鲜半岛，直到1945年。在这段期间，“日本海”之名广泛受国际间采用。但韩国方面则一直宣称，“东海”之名已有几个世纪。“东海”一词为汉语词汇，中国也是用“东海”称呼中国东临的西太平洋海域即“东中国海”（East China Sea)。方位上很多类似称呼如“北京”，“南京”。莫非韩国说他们曾经称首尔为“南京”，“南京”一词就有了歧义吗？
自20世纪80年代起，韩国方面率先发起对该海域名称的改名举动。韩国方面认为，把这一海域叫成“日本海”是旧殖民地时代的产物。历史上叫成“东洋海（Oriental Sea)”、“朝鲜海Sea of Korea (Korean Sea) ”的时期要比叫“日本海”的时间早几个世纪。
日本官方指称世界上97%的地图都记载为日本海。朝鲜政府和韩国政府另有看法，韩国政府想使用东海、韩国海（Sea of Korea）、和平之海等名称、而朝鲜政府建议使用朝鲜东海。
日本政府立场
根据世界主要图书馆所藏的16世纪以来出版的西方古代地图调查结果，19世纪初期以后“日本海”这一名称的使用频度占压倒性多数。此后，“日本海”这一称呼在世界上逐渐固定下来。这说明“日本海”这一地名与日本的帝国主义、殖民主义没有任何关系。所以在该海域“日本海”以外的其他任何名称都不确切。
该海域虽然在历史上采用过多个称呼，但之前都没有固定下来。在古代不同时期的地图上，该海域曾被不同国家不同地区称为东海、东洋海、朝鲜海、日本海等，但是大多数西方古代地图却没有作任何标记。
大洋中分离出来的海域在命名时最常见的方法是以该海域从大洋分离出来的列岛或半岛的名字命名，所以根据太平洋日本列岛，将分离出的大海称为日本海是非常正当的。加利福尼亚湾（Gulf of California)、安达曼海(Andaman Sea)、爱尔兰海(Irish Sea)等都遵循了这个原则。
给海洋命名的方法有很多种，如显示方位，以相邻的陆地或国家，或者城市名命名，以及以探险家或发现者的名字命名等。从大洋中分离出来的海域不用列岛或半岛名称命名的例子也非常多。
联合国事务局在2004年03月给日本政府的信函中表明，“联合国事务局遵守使用日本海单独标记的惯例的立场是非常明确的，指定（东海/日本海）两个地名违背联合国的惯例，侵害了联合国的中立性质。”这说明联合国认定“日本海”是该海域的唯一正式名称。日本海单独标记原则是国际水文组织或世界地图和教科书等长期以来一直遵守的。
朝鲜韩国政府立场
“日本海”这一名称被国际社会采用的时期恰是韩国沦为日本殖民地的时期。国际社会为制定海洋界限、海洋名称的标准化、航海安全所需的国际规范等于1919年召开了国际水文组织会议，1921年成立了国际水文局。在这次会议上，日本派了代表，而作为殖民地的韩国显然未能出席。会员国就这次会议的内容达成共识，经过多年论证，于1929年发行了《海洋与大海的界限》手册。这本手册首次正式将东海海域称为日本海(Sea of Japan)，随之世界各国的地图上也开始采用“日本海”这一称呼。此后1937年和1953年第2版和第3版相继发行，东海海域继续沿用了“日本海”的称呼。在此期间，韩国因是日本的殖民地和韩国战争（1950-53）等因素，未能及时表达自己的正当意见。可以说，国际社会上通用的“日本海”称呼实际上是日本殖民主义的产物。
东海作为紧邻韩国、朝鲜和俄罗斯、日本等4国的海域，与领海、专属经济水域（EEZ）等地理、经济和政治因素密切相关。与之相同，多数国家主权所及的海域被某一特定国家的名称单独进行标记是不正确的。为避免两个以上国家共有的区域因使用各自名称造成的混乱，国际水文组织和联合国地名标准化会议等国际组织劝告统一采用单一的名称，如果不能实现统一命名，则到相关国达成协议时为止，并记两个名称。关于韩国和日本的“东海”和“日本海”这两个地名称呼，双方意见不同，所以直到达成协议时为止，两个名称同时并用。世界的主要地图中，“东海”和“日本海”同时标记的比率2000年为1.8%，2007年增加到23.8%。这说明国际社会长期以来只采用“日本海”这一单一名称的做法是不正当的，东海名称的正当性正逐渐被国际社会所认可。
其他称呼
部分中国民间人特意使用“鲸海”，因为根据元末明朝初时期的记载，有关海域被命名为“鲸海”。
