中统和军统地位是平级，但中统成立时间较早。
中统是国民党中央的情报机构（对内情报）。军统是国民政府军事委员会的情报机构（对外情报）。
具体区别：
中统：中国国民党中央执行委员会调查统计局（简称为“中统（局）”）是国民党C.C系领导人陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。“中统”是国民党党务部门控制的特务机构，与“军统”并称国民党两大特务组织。“中统”的作战对象除了中国共产党，还包括汪伪等蒋介石的敌对政治力量。1947年4月，中统改为“党员通讯社”1949年3月，又改为“内政部调查局”，隶属于行政部内政部。
军统：国民政府军事委员会调查统计局（简称军统局，BIS），中华民国情报机关之一。前身是中国国民党党团组织“复兴社”下属的“特务处”。特工最多时近5万名，分布到国民政府军队、警察、行政机关、交通运输机构，乃至驻外使领馆，专门以监视、绑架、逮捕和暗杀等手段进行活动。军统局在许多地方设有集中营、秘密监狱和看守所。抗日战争期间，也从事一些搜集敌方情报并恐怖活动。1946年8月，军事委员会改组国防部，军统局的公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，郑介民任厅长；秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。