雏鸡因为体内的自我防护系统还没完全建立，对疾病的抵抗力较弱，在饲养过程中常常因为疾病或管理不当而死亡。引起疾病和死亡的原因是多方面的，概括起来有以下几点：
（1）种蛋传播疾病。对于育雏来说，种蛋的挑选以及储存非常关键，有很多疾病都可以通过种蛋进行传播，如白痢病、副伤寒、败血霉形体病、马立克病等可经种蛋传给小鸡；葡萄球菌、绿脓杆菌、肠道杆菌及许多霉菌等可通过蛋破损或不破损的蛋壳从外源侵入蛋内，这些微生物在种蛋的收集、贮藏、运输过程中进行传播。这些可导致小鸡出壳后发病，引起小鸡脐炎、慢性呼吸道疾病、白痢及大肠杆菌病等。另外，种蛋的质量不好，孵化出来的小鸡本身体质也不会太好，甚至在孵化过程中便可造成胚胎死亡，如有些种鸡饲料所含营养不全，造成种蛋内养分不足，特别是维生素不足，这些鸡即使能出壳，但出壳后表现先天不足，生活力很弱，难以养活。还有的是种蛋被污染，出壳的雏鸡发病，这种雏鸡也很难养活。
（2）孵化过程中鸡胚被感染或发育不良。在孵化过程中，卫生很重要，应保持环境的清洁以及消毒到位，如果育雏室、孵化器、种蛋及各种用具消毒不严格，大肠杆菌、葡萄球菌及沙门氏菌等可侵入卵黄囊，引起脐炎。小鸡绝大多数死于前10天。另外，如果孵化条件控制得不好，特别是温度和湿度掌握不适当，可造成胚胎发育不良，这部分雏鸡在育雏早期很易死亡。
（3）管理不当，意外死亡。雏鸡的意外死亡大多都源于管理不当。其中包括压死，如育雏室内温度太低，或者突然停电等情况下，或者因抓鸡转群时受到惊吓，雏鸡层叠扎堆，时间稍长则会导致底层雏鸡窒息死亡；淹死，雏鸡因长时间断水而进入干渴状态，突然给水雏鸡会拥向水源抢水喝，靠近饮水器边缘的雏鸡会被挤进水盘而淹死，这种情况一般发生在刚出壳雏鸡长途运输和间断饮水时发生；中毒，常见雏鸡中毒死亡现象有两种，一种是煤气中毒，另一种是痢特灵药物中毒，所以，一定要定时检查炉子烟筒各连接处是否严密，烟道是否畅通，是否有倒烟现象，还要注意用药用量，杜绝过量用药。另外，饲养员在进出鸡舍时也应小心，以防踩死或者推门挤死小鸡。如果育雏室建设质量差，也会被外来动物侵害或传播疾病，尤其是老鼠，如果偏远山区还会有黄鼠狼等野兽出没。
（4）啄死。鸡啄癖算是一种疾病，雏鸡在20日龄以后，光照强度大的情况下，常发生啄羽、啄尾等现象。这种啄癖如不及时解决，可蔓延到全群，互啄、追啄、围啄，被啄出血后雏鸡很快会被啄死。所以，在饲养过程中，除了调节适宜的温湿度以外，还要注意光照强度及光照时长，另外要控制饲养密度。