楼上还有人根据一本二本来判断一个专业的好坏的，有点贻笑大方的意思。
先说学校，两校均是普通本科院校、四川省属重点院校、理工科院校，均有部分专业在一本和二本招生，其他方面不多做比较。具体到专业来说，环境工程这类专业属于很多学校都有的专业，有特色的比较少。成都理工大学的环境科学可以和学校的优势学科地质和石油、核技术、地下水工程等等挂钩，对于本专业的学习和扩展是较为有利的。总体来说，成都理工大学的该专业比西南科技大学好。
补充：既然说到是考研，就应该知道要更看重每个学校的一个具体专业的研究能力和实力。成都理工大学1960年招收研究生，81年、84年分别我国首批硕士、博士学位授权高校，88年拥有国家重点实验室和博士后流动站，后者在88年还没有从四川建筑材料工业学院更名，两校在研究生培养上的差距过于明显，对于一个较为通俗的专业来说，该专业的扩展方面明显前者优于后者。
参考资料：回答来自成都理工大学百度知道团队。