如果是刑事案件，不能认定被告人有罪的，作无罪判决。如果是民事案件，由举证人承担不利后果。
1、《刑事诉讼法》第二百条 在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
(一)案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决;
(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决;
(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
2、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》
第二条 当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。
没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。
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官员杀女友抛尸判无罪 法院认为其故意杀人证据不足
云南昆明中院对云南省航务管理局规划处原处长陈辉被指控杀害同居女友一案，进行了一审判决。该院认为，此案没有证明陈辉故意杀人的直接证据，现有证据仅仅能得出陈辉接触过被害人的血和胶带纸上留有指纹，并不能形成杀人的证据锁链，证据不具有唯一性和排他性。
据此宣判陈辉无罪。
2014年11月26日，52岁的云南省航务管理局规划处原处长陈辉被指控杀害小其15岁的同居女友一案，由昆明中院的法官移师寻甸县法院开庭公开审理。
检察机关指控：2012年3月8日深夜，陈辉在昆明家中，用钝器将穿着睡衣的女友胡祖英杀死。第二天，他开车将其尸体拉到寻甸县红色庄园（另一住所）后掩埋。当天，他还拿着胡祖英的手机给自己发了信息，故意做出胡祖英失踪的样子，制造逃避罪责的假象。公诉人认为，大量的证据证明陈辉构成故意杀人罪。
胡祖英的家属收到了法院的一审判决：被告人陈辉无罪。昆明中院认为，公诉机关当庭出示的所有证据经法庭质证，取证程序合法有效，内容客观真实，法院予以确认，但对证据所要证明的观点，法院作出了不一样的评判。
昆明中院认为，本案没有证明被告人陈辉故意杀人的直接证据，现有证据仅仅能得出被告人陈辉接触过被害人的血和胶带纸上留有指纹，并不能形成陈辉故意杀人的证据锁链。对于陈辉及其辩护人的意见，法院予以采纳。
而公诉机关指控陈辉犯故意杀人罪，证据不足，指控证据不能得出陈辉故意杀人的唯一结论，证据不具有唯一性和排他性，应认定公诉机关的指控证据不足，指控的犯罪不能成立。