利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查。本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生、从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低。
1.查询目的基因: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3
备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一般会是NM开头
2.选择其中一个数据连接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001329564.2 ,选择Pick Primers
3.进入:
4.根据一些实验经验调节一些关键参数:
1)Primer Parameters- PCR product size :设置为75-300
2)Exon/intron selection- Exon junction span :设置必须跨越外显子(Primer must span an exon-exon junction),避免污染
3) Advanced parameters - Primer Parameters:GC建议在40%-60%之间
5.点击Get Primers
6.跳转页面
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/primertool.cgi?ctg_time=1561727583&job_key=v7VgKRZ5G9E86w3uAI4p3HqVOO5XhiPzVg
7.挑选合适的primer pair,其中product length最好是在150附近(不是绝对)
8.注册idtdna进行dna分析, https://sg.idtdna.com/calc/analyzer
9.抽取其中一个primer pair
Products on intended target
product length = 146
Forward primer 1 ACAGCAACACAGAAGACCGT 20
Template 604 .................... 623
Reverse primer 1 CCAGTAAGCTTGCCATTGAGC 21
Template 749 ..................... 729
10.使用idtdna进行筛选
举例:正旋:ACAGCAACACAGAAGACCGT,反旋:CCAGTAAGCTTGCCATTGAGC
以此使用正旋与反旋填写入sequence,如图使用正旋,点击self-dimer,如果序列结果中,basePairs都小于10,那么这个引物就算比较好的了,不是自旋产生的。
11.接着正反计算,输入正反旋,年级HETERO-DIMER,最后点击CALCULATE,如果序列结果中,basePairs都小于10,那么这个引物就算比较好的了,不是自旋产生的。