对于治疗手足癣一定要有毅力，坚持不懈，否则即会复发。瘙痒时，尽量避免抓挠，以免损伤皮肤，一旦出现手足及四肢的红、肿、热、痛，应及时到医院接受治疗。
治疗时，要将污染的鞋袜进行定期有效的消毒，以避免再次感染。擦过患部的毛巾不要再用来擦身体的其他部位，以免引起其他部位的真菌感染。脚癣通常发生在穿鞋袜的人群中，应注意不与他人共用鞋袜，保持个人卫生及足部清洁，每天睡前及活动出汗后洗脚，洗完后立即擦干，为保持趾间的干燥，可使用滑石粉，着棉袜、布鞋、凉鞋，避免穿尼龙袜、胶鞋及其他不透气的鞋袜。
一些真菌会出现过敏反应，如曲霉导致的过敏性曲霉病是因曲霉通过口、鼻、眼进入人体而引起。通常发生在接触发霉的谷物、草料及从事发酵工作的人群中，短时间吸入发霉的物质可在6小时以内出现咳嗽、呼吸困难，甚至寒战、发热，停止接触后，病人可以恢复正常。但长期接触有可能出现哮喘、咳嗽、胸痛、皮疹，严重时出现不可恢复的肺部损害。故在从事有关工作时要戴上口罩。
真菌还会引发中毒。主要是由于极少数真菌产生毒素，毒素再污染食物，食物进入人体而引起。根据毒性的不同，可分为肝脏毒、神经毒及肾脏毒。某些毒素如长期、少量、持续食用，还可以引起癌症，如黄曲霉素。
预防真菌中毒的关键在于把好饮食关，由于一般的烹调及加工食品的方法并不能破坏真菌毒素。因此，应在烹调之前就把好关，筛弃发霉的花生、粮食，选择符合国家卫生标准的食用油、粮食制品、调味品及饮料，大米须水洗干净后再蒸成米饭。