在滇东南，个旧矿区是一个多期次、多旋回岩浆活动中心。按时间顺序可分为海西旋回、印支旋回和燕山旋回，海西旋回与印支旋回以火山喷发—喷溢为主，燕山旋回以酸性碱性岩浆侵入活动为主。海西旋回的火山岩包括石炭纪和二叠纪火山岩，其中二叠纪火山岩沿个旧矿区北、西、西南边缘环绕矿区分布；印支旋回火山岩产于中三叠统层位，由早到晚可分为三期，即安尼期、拉丁早期和拉丁晚期-诺利克期，构成三条北东向火山岩带分布于矿区东南；燕山旋回以酸性、碱性岩为主构成出露面积约320km2的等轴状杂岩体，分布于矿区中央。
图3.1个旧矿田地质简图
Q.第四系腐殖土；N-E.古近-新近系砂砾石层；T3.上三叠统泥页岩、砂岩夹砾岩及煤层；T2β.印支期火山岩系；T2f.中三叠统法郎组泥质碎屑岩、泥质灰岩；T2g.中三叠统个旧组灰岩；T1.下三叠统砂页岩及泥质灰岩；Pm.二叠系茅口组灰岩；Pβ.海西晚期火山岩系；C.石炭系灰岩；D.泥盆系灰岩为主砂页岩
1.中粒、中粗粒花岗岩；2.斑状花岗岩；3.霞石正长碱性岩；4.辉长-二长岩；5.变辉长岩；6.基性火山岩、变辉绿岩；7.实测与推测断层；8.向斜轴；9.背斜轴；10.个旧矿田锡多金属集中矿化区；11.地质界线
上述各期岩浆活动，以印支期海底基性火山喷溢和燕山期花岗岩浆侵入活动与成矿关系最为密切。
（1）印支期基性火山岩
印支期基性火山岩属海底火山岩性质，在中三叠世有多次喷发。
安尼期火山岩主要分布在松树脚、麒麟山、老厂、卡房、田心坝等地，呈整合形式赋存于中三叠统个旧组卡房段（T2g1）下部灰岩或砂页岩层中，由一至多层构成，厚数米至百余米，一般20～50m。岩石多遭受强烈蚀变，蚀变以金云母（黑云母）化最为强烈，阳起石化、绿泥石化、萤石化、绢云母化和碳酸盐化蚀变也较普遍。蚀变较浅者主要为橄榄玄武岩，具斑状结构、杏仁构造等，斑晶主要为橄榄石，其次为辉石、斜长石，基质中斜长石条状微晶呈不规则排列，其间分布他形粒状的普通辉石和绿泥石等。变质较深者为金云母（黑云母）化玄武岩、阳起石化玄武岩及两者的混合型，变质更深者为金云母（黑云母）岩或阳起石岩。安尼期火山岩是变火山岩型矿床的主要赋矿围岩。
拉丁早期的火山岩主要由块状变玄武岩和角闪石化变余玄武凝灰岩组成水塘寨-核桃寨火山岩带，整合状产于法郎组（T2f）泥灰质地层中。拉丁晚期-诺利克期火山岩分布在个旧西部他白地区，主要由玄武岩、凝灰岩组成，其中玄武岩呈整合形式产于法郎组（T2f）及法郎组与火把冲组（T2h）之间的地层中。
关于印支期基性火山岩，尤其是安尼期变火山岩与成矿的关系，一直存在争议。庄永秋等（1996）研究认为，变火山岩型矿床的成因是以印支旋回安尼期基性火山（次火山）岩为矿源层，受燕山晚期黑云母花岗岩浆期后热液改造作用而成。但作者研究发现，个旧变火山岩型矿床中保留有典型的VHMS型矿床特征，并认为变火山岩型矿床的形成，与中三叠世安尼期蚀变基性火山岩活动及海底喷流-沉积成矿作用，在时间和空间上有着直接的联系。
（2）燕山期花岗岩
燕山期花岗岩类在个旧地区广泛分布，其中西区岩体大部分出露地表，面积约320km2，主要岩体为龙岔河岩体和神仙水岩体；东区岩体则大都隐伏于地下200～1000m处，主要岩体包括白沙冲岩体、马拉格-松树脚岩体、老厂-卡房岩体等，与东区主要矿床空间关系密切。
对个旧花岗岩的成因问题，许多研究者均倾向于认为个旧地区的花岗岩，是由深部元古代的结晶基底经重熔作用而形成的岩浆上侵到一定深度固结而成。但在S型、I型、A型花岗岩分类图上，个旧花岗岩样品分布则十分复杂，并主要落在A型和I型花岗岩范围，显示了形成花岗岩的物质来源和其形成过程都十分复杂。
依据同位素年龄判断，区内燕山岩浆岩为燕山期多阶段构造活动和岩浆侵位的产物。