美国移民局是美国庞大且复杂的行政系统，其核心机构包括：局长办公室、副局长办公室、局长行政计划助理办公室、执法办公室、审查办公室、局长行政执行助理办公室、国际事务办公室，以及政策和管理相关的助理办公室。
局长办公室是最高管理层，由移民归化局局长负责，司法部长授权其执行相关移民法律。其下属机构包括总律师办公室，提供法律咨询，国会关系办公室负责与国会沟通，公共事务办公室负责公众事务管理，以及内部审计办公室，负责内部管理和效率审查。
副局长办公室协助局长管理全局，包括制定政策、指导各机构。局长行政计划助理办公室负责移民法受益者识别、边境管理等关键任务，执法办公室负责执法计划和移民政策，审查办公室负责审查工作。执行助理办公室负责政策执行，监督分局和国际事务办公室，后者负责海外工作的协调与联系。
局长行政政策助理和管理助理办公室则分别负责全局政策规划和管理，以及协调财会、人事等行政事务。地方机构包括三个分局（东、中、西区），36个支局，21个边境巡逻分队，服务中心和八个政治庇护办公室。
美国移民局隶属于美国司法部。移民法的执行权属于司法部长，但司法部长通常授权移民局，因此移民局即成了移民法的核心执法机构，其专门负责处理移民和非移民申请案、外国人的入境与出境、边界巡逻、逮捕并递解非法外国人、难民审查、惩罚非法雇用等等。普通外国人打交道最多的是其直接受理移民和非移民申请的四个地区移民服务中心(Regiona l Service Center)，以及处理日常移民事务的移民支局(District Office)和办事处( Suboffice)。后者通称为"地方移民局"（Local Office）。