1998年9月8日，湖南阳光制药有限公司，即现今湖南时代阳光制药有限公司的前身宣告成立。
2000年6月，湖南时代阳光开始涉足零售药店领域，其第一家药店正式开业。
2001年元月，公司在长沙市雨花区洞井铺购置50亩土地，建设集团总部和药品物流基地。
2002年4月，湖南时代阳光通过整体兼并湖南省零陵制药厂，通过“两个置换”策略，组建了湖南时代阳光制药有限公司。
2003年3月，集团在永州市零陵区萍洲高科技工业园购地100亩，建设了一流的药品生产基地。
同年10月，湖南时代阳光控股长沙养天和大药房，整合零售药店资源，组建了湖南时代阳光养天和大药房连锁有限公司，并将公司门前的李洞路更名为时代阳光大道。
2004年1月，时代阳光集团被评为湖南省希望工程爱心单位，新阳光医药有限公司成立，医药招标采购业务全面展开。朱光葵董事长因其贡献被授予长沙市劳动模范，集团党委成立，朱光葵任党委书记。
同月，时代阳光网站上线，全球用户都能通过互联网了解公司动态。同年10月，永州生产基地通过国家GMP认证，被评为“重合同守信用单位”。
2004年11月，湖南时代阳光·希望工程关爱行动启动，朱光葵董事长当选湖南省第十届人大代表，集团荣获多项荣誉。2006年，“时代阳光”和“金驴”商标被认定为湖南省著名商标，集团被评为青年科技创新先进集体。
2007年，集团将科技成果转化为生产力，产品质量和经济效益显著提升，被授予“湖南十大杰出青年科技创新集体”。青山桥中学更名为湘潭县青山桥时代阳光中学，湖南省本草特种药材研究所成立。
2008年，朱光葵再次当选为湖南省人大代表。2009年，时代阳光药业股份有限公司揭牌，产品被评为名牌，企业被评为高新技术企业和医药示范企业。
2010年，时代阳光与郴州市第一人民医院合作，成为全省首个与三甲医院签订药品供应协议的公司。同年，永州市抗抑郁药工程技术研究中心在时代阳光设立，推动产学研合作。
2011年，基本药物事业部成立，新品种获得发明专利，公司被认定为企业技术中心。2012年，时代阳光与道县人民医院合作项目启动，2013年，“时代阳光”荣获中国驰名商标并获得B2B互联网药品交易服务。
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