派讲的第一层故事：沉船事故那夜， 他跳到了救生船上，接着有一只斑马跳船里，海浪将鬛狗“哈里”冲进船里，派用救生圈救上来了老虎“理查德·帕克”，第二天，派又将坐着香蕉而来的猩猩“橙汁”救上船。
接着，鬛狗要吃摔伤的斑马，猩猩在旁吼叫，还打了鬛狗，鬛狗咬死猩猩，老虎冲出来咬死鬛狗。后来，老虎发现船上还有一老鼠，老虎又把老鼠也吃掉了。
此后，派训练老虎，一人一虎在太平洋上漂流，正当他们绝望时，救生船停靠在一座岛屿上，那里有淡水，有可以吃的植物根茎，但在晚上，派发现这座岛是座食人岛，于是一人一虎又开始漂流，终于漂到墨西哥获救。
这是一个很难让成年人信服的故事，于是派又讲了第二层故事。
救生船上，原本有厨师、佛教徒水手两个人，厨师用救生圈把派救上了船，第二天，派的妈妈抱着香蕉来到救生船上。厨师发现船上有老鼠，就把老鼠杀掉吃了。水手跳进救生船时摔断了腿，伤口感染，厨师建议砍掉腿免得感染恶化，结果却是直接把水手弄死了。
水手死后，厨师用水手的肉做鱼饵钓鱼，母亲非常生气，还打了厨师一耳光，厨师没有还手。厨师不仅用水手的肉做鱼饵，他还直接吃水手的肉。
一周后，因为派没有抓住一只海龟，厨师打了派一拳，母亲便拼命打厨师，让派跳到木筏上。厨师一怒之下，用刀杀死了母亲，他将母亲的尸体扔进大海，被鲨鱼吃掉。
隔天，派杀了厨师，厨师自知罪孽深重，没有反抗。然后派一个人在海上漂流，直到获救。
第二层故事与第一层故事有着对应关系，鬛狗是厨师，斑马是水手，猩猩是母亲，老虎就是派自己。第二层故事看起来很符合现实，但是依然有不合理之处。
日本调查员在听第一层故事时，就是香蕉是不能浮在水面上的，但在第二层故事中，母亲依然跟猩猩一样是抓在香蕉上。
但是，网上有人试过，香蕉是能浮在水面上的，所以派并没有说错。但李安把这个情节安排在这里，并不是强调香蕉能不能浮在水面上，而是提醒我们，两层故事都是值得怀疑的。
第一层故事不可能是现实，但它是一个寓言，将现实的人物比拟人动物，将现实的事物编织进隐喻中，讲这个故事时，对派的伤害最小，因此这个故事反而是最可信的，只要我们理解了其中的象征与隐喻，也就明白了事实的真相。
第二层故事是现实的，但却最不可信，因为这个故事已经牵扯到了派的现实利益，就像当初派用圆周率来美化自己的名字一样，在这个现实的故事中，派必须将自己的行为合理化，比如，他杀厨师是因为厨师杀了他母亲，而他最终，也只吃了厨师这个“恶人”的肉。所以第二层故事虽然贴近现实，但却是最虚假的，最不可信的。
在第一层故事中，并没有出现猩猩被扔进海里被鲨鱼吃掉场景，而在第二层故事中，派却说母亲被扔进海里被鲨鱼吃掉了，这很可能就他在回避自己吃完厨师的肉后又吃了母亲的肉的事实，因为食母实在难以让人接受。
还有一个非常明显的漏洞就是，在第一层故事中，老鼠是被老虎吃掉的，那么对应第二层故事，老鼠应该也是被派吃掉才对，但派却就老鼠是被厨师杀死吃掉的，这也是在回避他杀死老鼠并吃掉的事实。
人肉都吃了，为什么要回避吃老鼠的事实？只能说，杀死老鼠并吃掉，是派更不愿意承认的事实。
于是，便推演出了更黑暗的第三层故事。
救生船上的每一个动物，都对应一个人，老鼠同样对应着活生生的人，那就是派的女友阿南蒂。
要证明老鼠是阿南蒂，需要反推。在派讲完故事后，他说，他失去了家人、动物园、印度、阿南达。派特意提到了阿南蒂，说明很可能阿蒂也是死救生船上。
在食人岛上，派将阿南蒂系在他手上的红绳，系在了可以吃的树根上，直接点明派吃了女友。红绳早已经脱色，变得惨白，也象征着这场爱情的惨烈结局。
所以阿南蒂就是那只被老虎吃掉的老鼠。派之所以记不得他们告别的场景，是因为他们本来就没有告别，阿南蒂被派藏在了救生船里，随派一家偷渡往加拿大。
但是，帮女友偷渡，又杀了女友，还吃了她，这是派内心极不愿意承认的事，更不可能说出来。所以在第二个故事中，老鼠依然是老鼠，但因为接近现实，他很容易联想到老鼠就是自己的女友，所以他连自己吃了老鼠都不愿意承认了，他把吃老鼠的责任转嫁给了厨师。
派在讲述时会刻意回避自己不想提起的细节，这在电影里早有暗示。
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