烟草专卖零售许可证的办理流程如下:
1、申请
为充分体现便民的原则，《烟草专卖许可证管理办法》提供了多种申请渠道。申请人提出申请时，可以直接到当地县级烟草专卖局办证大厅申请，具备条件的地方也可以网上申请。通过信函、电报、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出申请的，由受理机关将其转换为格式文本并经申请人确认。申请人可以委托代理人提出申请，代理人应当提供委托书、委托人及代理人的身份证明。申请表格可以从经营场所所在地的县级烟草专卖局领取。已经建立烟草专卖管理所的地区，还可以通过专卖管理所申请。申请烟草专卖许可证时需要的材料视申请的原因各有不同。
新办、延续的，需要提供的材料如下:
(1)申请表;
(2)个体工商户经营者、法定代表人或其他组织负责人的身份证明原件;
(3)提供准确的工商营业执照的名称或统一社会信用代码或注册号(免提交工商营业执照复印件)。
变更、补办、停业、恢复营业、歇业的，需要提供的材料如下:
(1)申请表;
(2)个体工商户经营者、法定代表人或其他组织负责人的身份证明原件;
(3)与变更事项相关的证明材料:
a.变更企业(字号)名称或负责人的，应提供准确的工商营业执照的名称或统一社会信用代码或注册号，由工作人员登录国家企业信用信息公示系统查询工商执照信息;
b.个体工商户经营主体不变，变更经营者姓名的，应提供户口本;
c.变更经营地址名称(实际经营地址没有发生改变)的，提供村委或者所属社区出具的街道(道路)名称、门牌变更情况证明;
d.经营主体不变，变更企业类型的，或营业执照属家庭经营的个体工商户，持证人在备案家庭成员间变化的，应提供有备案家庭成员信息的《企业变更通知书》、《企业基本信息表》;也可提供工商营业执照的名称、统一社会信用代码、注册号，由工作人员登录国家企业信用信息公示系统查询工商执照企业类型或备案家庭成员变更信息;
e.委托代理人提出申请的，应当提供委托人委托书原件、委托人及代理人的身份证明原件。
2、受理
受理过程中，若申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照要求提交了全部补正申请材料的，县级烟草专卖局应当受理，并将加盖专用印章的《受理行政许可通知书》送达申请人;不予受理的，烟草专卖局应负责将加盖专用印章的《不予受理行政许可通知书》送达申请人。
3、实地核查
烟草专卖局受理后，会指派两名以上工作人员到经营场所进行核查，核查申请内容与实际情况是否一致，并结合当地烟草制品零售点合理布局的要求，提交核查结果。
4、审核审批
烟草专卖局的审核部门根据有关法规政策和当地烟草制品零售点合理布局的要求，对申请人提交材料的真实性、合法性、有效性、完整性等进行审核，并提出是否办理的意见，提交审批人审批。
5、决定
一般情况下，烟草专卖局会在受理之日起20个工作日内依法作出决定。予以许可的，烟草专卖局作出准予行政许可的决定，并在十日内向申请人送达烟草专卖零售许可证。不予许可的，也会向申请人说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
办理烟草零售许可证过程中的特别注意事项如下:
1、申请表内容要填写完整或未按规定填写;
2、经营地址填写要完整，如只写了所在地市，没有具体门牌号即不完整;
3、企业类型要防止勾选错误。如，本应勾选“国有企业”，错误勾选成了“有限责任公司”;
4、防止申请类型填写错误，持证人主体改变的，应当重新申领烟草专卖生产企业许可证，而勾选成变更申请;
5、防止统一社会信用代码或其他栏目信息填写错误;
6、连锁经营企业在申请烟草专卖零售许可证时，认为由总部向所在地烟草专卖局提出申请许可后，所涉及的连锁企业均视同为许可，而未按要求由各个分店分别向所在地烟草专卖局提出申请，这是不正确的。
法律依据
《烟草专卖许可证管理办法》
第九条 申请人一般以书面方式提出申请，也可以通过信函、电报、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出申请，并按烟草专卖局要求填报格式文本。
申请人可以委托代理人提出申请。委托代理人提出申请的，应当提供委托人的授权委托书及代理人的身份证明。
第二十一条 烟草专卖局对申请人提出的申请，应当根据下列情况分别作出处理:
(一)申请事项依法不需要取得烟草专卖许可证的，应当即时告知申请人不受理;
(二)申请事项不属于本烟草专卖局法定职权范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请;
(三)申请材料存在可以当场更正的错误的，应当允许申请人当场更正;
(四)申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在五日内以书面形式一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理;
(五)申请事项属于本烟草专卖局法定职权范围，申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照烟草专卖局的要求提交全部补正申请材料的，烟草专卖局应当受理烟草专卖许可证申请。
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