东南大学共设有三个校区。
玉泉校区：位于南京市玄武区四牌楼，是东南大学的主校区，占地面积约2.4平方公里。
望江校区：位于南京市江宁区将军大道、龙眠大道交汇处，占地面积约2.7平方公里。
九龙湖校区：位于南京市江宁区龙眠大道、禄口机场高速公路交汇处，占地面积约4.1平方公里。
东南大学肇始于1902年创建的三江师范学堂，后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等重要历史时期。
1952年全国高校院系调整，学校文理等科迁出，以原国立中央大学工学院为主体，先后并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等校的有关系科，在国立中央大学本部原址（今东南大学四牌楼校区）建立南京工学院，1988年恢复东南大学校名。2000年与原南京铁道医学院、南京交通高等专科学校、南京地质学校合并组建新的东南大学。
截至2022年3月，学校建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区，总占地面积5888亩；设有35个院系，开设87个本科专业；拥有37个一级学科博士点、49个一级学科硕士点；有12个学科入选第二轮“双一流”建设学科名单、5个学科在第四轮学科评估中获得A+；有全日制在校生36628人；有专任教师3211人，其中博士生导师1287人，硕士生导师2422人，两院院士16人。
东南大学校标的出处：
1、东南大学校标于1997年5月由东南大学艺术学系张道一教授设计完成。
2、校标整体图案呈圆形，由两个同心圆组成。外环线条用外粗内细“文武线”装饰，体现了中国的传统文化。外环上半部分为东南大学英文名称“SOUTHEAST UNIVERSITY”，下半部分为集王羲之书法体校训“止于至善”。
3、标识中间主体部分延续了中央大学时期校徽的倒三角图形。倒三角形内部为东南大学的标志性建筑四牌楼校区大礼堂。细线为大礼堂轮廓线，中间黑实线为大礼堂正立面爱奥尼亚柱式和山花构图。
内部等腰三角形的下面一角冲破内圆，含“遵守规则又敢于创新”之深意。内圈的三角形和外圈的圆形分别代表东南大学的历史与现实、旧我与新我。两者的配合，既体现出形式上相反相成的互渗与融合，也凸现出历史与现实、旧我与新我之间的张力，预示了东南大学无限美好的辉煌的未来。
4、内圆中还有被三角形分割成的三个弓形区域，上方标明校名“东南大学”，也为集王羲之书法体；下方左侧“1902”， 表明学校的历史源远流长，可以追溯到1902年张之洞等创办的三江师范学堂；下方右侧“南京”，表明学校的办学地点。
5、校标的颜色选取黄色和绿色。外环和大礼堂为黄色，三角形内大礼堂背景为绿色。黄色是中国的传统色，同时也表明该校校址曾是六朝皇宫内苑和国子监所在地。绿色喻意青年学子风华正茂，代表六朝松历经千年仍然生机勃勃旺盛生命力，同时表明该校位于长江之滨、玄武湖畔。