水利工程建设项目档案验收的组织工作由项目竣工验收主持单位的档案业务主管部门负责，具体执行如下：
首先，第九条指出，档案验收的组织工作由该项目的主管档案部门实施。他们会对申请单位提交的验收材料进行严格审核，根据项目的规模以及档案收集和整理的实际状况，决定进行预验收还是直接进行正式验收。若项目满足条件，应在收到申请后的40个工作日内组织完成验收。
对于需要预验收的项目，第十一条规定，档案验收组织单位可以选择自行组织，或者委托流域机构或地方水行政主管部门进行，但必须有正式的委托函。被委托的单位需在接到任务后的20个工作日内，依据本办法进行预验收，并将预验收结果上报给委托单位，同时抄送申请单位。
在验收过程中，第十二条强调，档案验收的组织单位会与国家或地方档案行政管理部门共同组建档案验收组，该组一般包括档案部门代表、国家或地方档案行政管理部门、相关流域机构和地方水行政主管部门的代表，以及相关专家，共同进行专业审查。
最后，第十三条规定，档案验收完成后，必须形成书面的验收意见。该意见需经验收组2/3以上成员同意并签字确认，包括单位、职务和专业技术职称信息。若验收成员对意见有异议，需在意见中明确个人意见并签字。验收意见将由档案验收组织单位发给申请单位，并向国家或省级档案行政管理部门备案，以确保整个过程的公正和透明。
《水利工程建设项目档案验收管理办法》，列五章，二十条，自2008年10月10日起施行。这是根据水利部《水利工程建设项目档案管理规定》（水办〔2005〕480号）和国家档案局、国家发改委联合印发的《重大建设项目档案验收办法》（档发〔2006〕2号），为进一步加强对水利工程建设项目档案验收工作的监督、指导，规范档案验收工作行为，统一档案验收标准，确保档案验收质量，特制定的。