深圳港口有：蛇口码头、福永码头、盐田码头、赤湾码头、妈湾码头。
1、蛇口码头
蛇口客运码头，始建于1981年。2016年10月30日蛇口客运码头正式停运。结束了35年的客运服务。蛇口客运码头业务搬至蛇口邮轮中心。10月31日，蛇口邮轮中心正式开门营业，市民可在此坐船前往香港、澳门和珠海。
2、福永码头
深圳机场码头（旧称：福永码头/深圳机场福永码头），英文名：ShenzhenAirportFerryTerminal，位于
深圳宝安国际机场西南位置，距机场
T3航站楼仅2公里。
3、盐田码头
盐田港（YantianPort），是中国广东省深圳市港口，位于深圳市南大鹏湾北岸，西临沙头角，西北经24千米铁路达深圳市，东至惠州72千米，南为小梅沙。
4、赤湾码头
赤湾港在
深圳经济特区西部的南头半岛顶端，位于珠江口东岸，距香港在20海里。距珠海、澳门在50海里，水、陆路距广州约150公里。
5、妈湾码头
深圳妈湾港区该港区内主要有海星港口发展有限、深圳
乐意液体
仓库仓储有限公司、深圳月亮湾油料港务有限公司、南油港口仓储发展有限公司、深圳市沪星拖轮有限公司、深圳市能源港务有限公司等，其主要经营散杂货、液体化工产品、油品和煤炭等。