原因：
第一、从行政管理的基本要求来看，行政机关作出具体行政行为的活动是根据事实适用法律的过程，应当遵循“先取证、后裁决”的原则，即行政机关在作出裁决前，应当充分收集证据然后根据事实，对照法律作出裁决，而不能在毫无证据的情况下，对公民、法人或其他组织作出行政行为，造成程序违法，滥用职权，侵害相对一方当事人的合法权益。进入诉讼程序后，如被告举不出证据就证明了行政机关在行政程序阶段作出的具体行政行为没有起码的事实根据，已经违反了行政程序规则而构成违法，只能由它承担败诉后果。因此，规定被告负举证责任是可行的、必要的。
第二、被告承担举证责任的相对一面自然是，行政诉讼的原告不承担举证责任。在行政法律关系中，行政机关居于主导地位，其实施行政行为时无须征得公民、法人或其他组织同意。而公民、法人或其他组织则处于被动地位，无论在经济状况、活动能力及在行政管理中的地位方面，都不具备行政机关所享有的各种职权和便利条件，原告将无法或者很难收集到证据。即使收集到，也不能有效地保全证据不具有对主要事实毫无遗漏地举证能力。而如果当原告不能举证证明自己的主张时。由原告承担败诉后果，是有失公平的。
第三、行政机关的举证能力比原告要强。在行政程序中，行使行政执法权和行政司法权的行政机关，拥有足够的行政经费，专门的仪器设备和技术队伍，从而保证行政机关即有足够的权力，又有足够的能力收集、调取证据而在一定特定情况下，原告几乎没有举证能力，有的案件的证据需要一定的知识、技术手段、资料乃至于设备才能取得，而这些往往是原告所不能具备的。如是否对环境造成污染，污染的程度多大，药品管理中伪劣药品的认定等等，这些都是原告无法收集、保全的，因而要求原告举证是超出其承受能力的。而对于行政机关来说，收集和保全这些证据并证明这些事实，都是力所能及的。
例外：
1.对被告应当依职权主动履行法定职责的不作为案件，原告无需举证证明其曾经向被诉行政机关提出过申请。这是针对被告应当依职权主动履行法定职责而规定的。它又称为积极行政行为、针对性行政行为，是指依据行政机关所具有的法定行政权，不需要行政相赇人的申请即可作为的行政行为，如行政征收行为、行政处罚行为、行政强制行为等。这类行政行为无需行政相对人的申请，当然没有义务提供证据证明其向行政机关提出申请的事实。
2.原告因被告受理申请的登记制度不完善等正当事由而无法提供证明其曾经向被诉行政机关提出申请的事实时，经向人民法院作出合理说明，人民法院应当推定原告提出申请的事实存在。这样，既保护了行政相对人的诉权，也有利于促使行政机关完善其受理申请的登记制度。
3.在诉讼过程中被告认为原告的起诉超过起诉期限的，被告承担举证责任。从审判实践来看，原告与被告对起诉是否超过起诉期限发生争议的情况，多数是由于被告未告知行政相对人诉权和起诉期限而引起的，少数是因为送达的时间发生争议而引起的。因此，立法上将证明原告起诉期限的举证责任分配给被告履行。之所以这样分配，是基于以下几个因素：首先，告知行政相对人诉权和起诉期限是行政机关的义务，倘若行政机关不能证明原告知道或应当知道，人民法院只能推定行政相对人不知道诉权和起诉期限。其次，行政机关向行政相对人直接送达行政处理决定时，行政相对人收到通知后，应当在送达回证上签字或盖章;若拒绝签收，行政机关工作人员应记录在案，并由在场的人员签字或者盖章。如果通过邮寄送达或者公告送达，其应当具有邮寄的单据或者公告的报刊。倘若行政相对人已提供其不知道诉权和起诉期限的证据，被告认为其证据不真实，完全具有提出反驳的条件。再次，被告掌握起诉期限的全部环节。因此将举证责任分配给被告是公平的。
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