直属事业单位——内蒙古自治区气象台（内蒙古自治区气象环境影响评价中心）、内蒙古自治区气候中心（内蒙古自
治区生态与农业气象中心、内蒙古自治区气象卫星遥感中心）、内蒙古自治区气象科技服务中心（内蒙古自治区专业气象台、内蒙古自治区气象影视中心）、内蒙古自治区大气探测技术保障中心（内蒙古自治区雷电预警防护中心）、内蒙古自治区气象培训中心、内蒙古自治区气象科学研究所（内蒙古自治区人工影响天气中心）、内蒙古自治区气信息中心（内蒙古自治区气象档案馆、内蒙古农牧业经济信息中心）、内蒙古自治区气象局机关服务中心（内蒙古自治区气象局国有资产管理中心、内蒙古自治区气象局财务结算中心）。
盟（市）气象局——呼和浩特市气象局、包头市气象局、呼伦贝尔市气象局、兴安盟气象局、通辽市气象局、赤峰市气象局、锡林郭勒盟气象局、乌兰察布市气象局、鄂尔多斯市气象局、巴彦淖尔市气象局、乌海市气象局、阿拉善盟气象局、满洲里市气象局、二连浩特市气象局。在通辽、巴彦淖尔市气象局设自治区级大气探测技术保障分中心，实行市气象局与自治区大气探测技术保障中心双重领导，以市气象局为主的管理体制。
旗（县、市）气象局（台、站）——在图里和、满洲里、博克图、索伦、东乌珠穆沁旗、霍林郭勒市、巴彦诺尔公、额济纳旗、阿拉善右旗、朱日和、二连浩特市、海拉尔、满都拉、乌拉特中旗、呼和浩特、东胜、临河、鄂托克旗、通辽、扎鲁特旗、巴林左旗、锡林浩特、多伦县、赤峰等24个气象局（站）的基础上，组建国家气候观象台。国家气候观象台台长享受副处级干部待遇，其余机构不变。
人员情况
2006年底，全区气象在职职工3027人。其中干部2768人，工人259人。学历结构：硕研54人，本科730人，大专1226人。职称结构：高级职称166人(正研级8人、副研级158人)，中级职称1195人，初级职称1419人。
