酱油用的原料是植物性蛋白质和淀粉质。植物性蛋白质遍取自大豆榨油后的豆饼，或溶剂浸出油脂后的豆粕，也有以花生饼、蚕豆代用，传统生产中以大豆为主；淀粉质原料普遍采用小麦及麸皮，也有以碎米和玉米代用，传统生产中以面粉为主。原料经蒸熟冷却，接入纯粹培养的米曲霉菌种制成酱曲，酱曲移入发酵池，加盐水发酵，待酱醅成熟后，以浸出法提取酱油。制曲的目的是使米曲霉在曲料上充分生长发育，并大量产生和积蓄所需要的酶，如蛋白酶、肽酶、淀粉酶、谷氨酰胺酶、果胶酶、纤维素酶、半纤维素酶等。在发酵过程中味的形成是利用这些酶的作用。如蛋白酶及肽酶将蛋白质水解为氨基酸，产生鲜味；谷氨酰胺酶把万分中无味的谷氨酰胺变成具有鲜味的俗谷氨酸；淀粉酶将淀份水解成糖，产生甜味；果胶酶、纤维素酶和半纤维素酶等能将细胞壁完全破裂，使蛋白酶和淀粉酶水解等更彻底。同时，在制曲及发酵过程中，从空气中落入的酵母和细菌也进行繁殖并分泌多种酶。也可添加纯粹培养的乳酸菌和酵母菌。由乳酸菌产生适量乳酸，由酵母菌发酵生产乙醇，以及由原料成分、曲霉的代谢产物等所生产的醇、酸、醛、酯、酚、缩醛和呋喃酮等多种成分，虽多属微量，但却能构成酱油复杂的香气。此外，由原料蛋白质中的酪氨酸经氧化生成黑色素及淀份经典霉淀粉酶水解为葡萄糖与氨基酸反应生成类黑素，使酱油产生鲜艳有光泽的红褐色。发酵期间的一系列极其复杂的生物化学变化所产生的鲜味、甜味、酸味、酒香、酯香与盐水的咸味相混和，最后形成色香味和风味独特的酱油。
酱油的原料处理 分为3步。①饼粕加水及润水：加水量以蒸熟后曲料水分达到47—50%为标准。②混和：饼粕润水后，与轧碎小麦及麸皮充分混和均匀。③蒸煮：用旋转式蒸锅加压（0.2MPa）蒸料，使蛋白质适度变性，淀粉蒸熟糊化，并杀灭附着在原料上的微生物。
制曲分两步。①冷却接种：熟料快速冷却至45℃，接入米曲霉菌种经纯粹扩大培养后的种曲0.3—0.4%，充分拌匀。②厚层通风制曲：接种后的曲料送入曲室曲池内。先间歇通风，后连续通风。制曲温度在孢子发芽阶段控制在30—32℃，菌丝生长阶段控制在最高不超过35℃。这期间要进行翻曲及铲曲。孢子着生初期，产酶最为旺盛，品温以控制在30—32℃为宜。
发酵 成曲加12—13°Be'热盐水拌和入发酵池,品温42—45℃维持20天左右，酱醅基本成熟。
浸出淋油将前次生产留下的三油加热至85℃，再送入成熟的酱醅内浸泡，使酱油万分溶于其中，然后从发酵池假底下部把生酱油（头油徐徐放出，通过食盐层补足浓度及盐分。淋油是把酱油与酱渣通过分离出来。一般采用多次浸泡，分别依序淋出头油、二油及三油，循环套用才能把酱油成分基本上全部提取出来。
后处理 酱油加热至80—85℃消毒灭，再配制（勾兑）、澄清及质量检验，得到符合质量标准的成品。
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