农村医保报销流程为：
1、参加农村医疗保险的患者可在入院时填写医保入院登记表并交回收费处，(可在入院时或入院后填写)，尽量不要在出院时才填写，否则会增加出院结算等待时间。
2、凭出院单到收费处办理出院清账手续。
3、到社保(或居委)报销(含外地医保)，出院结账后，凭住院发票、出院证、费用清单到社保(或居委)报销。
其中农村医保报销方式可以分为以下四种类型：
1、参加了新型农村合作医疗保险的患者可凭本人有效证件、医疗卡，经确认身份后，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销，在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结帐时可直接刷卡报销。
2、在市外二级及二级以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，由参保人或其家属带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
3、特殊病种门诊报销可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病例以及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围，可按照住院报销标准以年度为单位进行报销。
4、因意外伤害的住院患者，出院后需要提交有户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。对于无法提供有效证明及记录的，不予受理。一旦经过新农合调查、审核之后，一旦属实则予以报销。如果责任是由第三方负责的，是不予报销的。
一、门诊费用报销程序
参加新农合的农民持合作医疗证和卡在乡、寸两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用，门诊医疗总费用减去门诊补偿费用剩余部分有参保农民现金结算。参保农民因患慢性病和重大疾病在省、市、区定点医疗机构门诊就诊时，所产生的医疗费用由参保农民的现金结算，经各乡镇合管办初审后上报至区合管办审核，审核后由户籍所在乡镇卫生院录入新农村合作医疗机构垫付资金，之后经区合管办审批后直接划拨到定点医疗机构新农合资金专户。
二、住院费用报销程序：
参保农民在市内定点医疗机构住院治疗的，凭合作医疗证、卡和户口本预交一定额度的押金后，办理住院手续，出院时只结清自付部分，补偿部分由定点医疗机构垫付。到省级新农合定点医疗机构治疗的，需在相关医院开具转院证明。到省外公立新农合医疗机构就诊必须在省级定点医疗机构开具转院证明。
外在误工、上学的参合人员因病住院治疗或住院分娩的，应选择当地新农合经办机构确立的公立新农合定点医疗机构住院治疗，并在住院之日起7日内委托亲属或他人，持定点医疗机构住院证明(或传真复印件)在户籍所在地乡镇卫生院办理转诊手续，出院后20日内将诊断证明、出院证明、发票、费用清单(原件)及病理复印件提供给户籍所在乡镇合管办，并在乡、村两级政务公开栏公式不少于15天后符合新农合报销规定的，由乡镇卫生院录入新农合系统给予补偿。
对于在市外定点医疗机构住院治疗的参合患者，费用在10000元以上的必须经区和高管班与所住医院联系审核无误，符合新农合报销规定的方可公示报销。凡是不按新农合相关规定办理转诊转院手续的参合患者，之后所产生的医疗费用均不予补偿。
第一步：缴纳新农合医疗保险费用
农村每年年末都可以交第二年的新农合医保费用，缴费原则是：一年一交，当年缴费，当年享受。
如果缴费后，多数会发医疗本或医疗证的本子，这就是新农合医疗凭证。
第二步：准备个人资料
生病住院后需要准备好这些个人资料。个人身份证、户口簿、新农合医疗本、以及相关医院治疗发票和费用清单。假如本人生病，可以由配偶、子女、父母出示证明代办理。
第三步：2种报销
新农合报销方式有2种。其中最简单的就是住院后，个人拿费用资料去医院收银窗口。一般定点医疗医院都会有3个窗口，分别是：城镇职工医疗、城镇居民医保、新农合医保。去对应窗口能直接减免报销，这种最方便快捷。
另一种拿着个人资料和住院费用清单，去所在地的医疗管理机构进行办理报销。记得把住院时的资料都带上，省的来回多跑一趟。提供资料给工作人员，对方会审核材料是否齐全、完整。一般是10——15个工作日。
第四步：审核后领钱
如果审核通过，会通知你去。对方会给你一张表格叫《农村合作医疗住院补偿登记表》，让你在上面签字。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇
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