1959年3月24日，根据《联合国海洋法公约》的新领海基线，中国中央政府批准设立了"西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处"，位于西沙永兴岛上，隶属于广东省人民政府。1969年3月4日，该机构更名为"广东省西、南、中沙群岛革命委员会"。1981年10月22日，再次恢复为县级机构"广东省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处"，并在1984年10月1日海南行政区成立后由行政区人民政府接管。1988年4月13日，随着海南省的成立，办事处归属海南省管辖，并于同年9月19日正式改名为"海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处"。
在联合国海洋法公约第三次会议后，中国政府明确了对南海西、南、中沙群岛的主权主张，包括近350万平方公里的海域，占中国陆地面积的三分之一，认为是"蓝色国土"。1994年公约生效后，尽管仍有一些地图沿用旧标，但1996年官方宣布的新领海基线明确了领海、内水、毗连区和专属经济区等范围。办事处设立在永兴岛上，作为南海诸岛中面积最大的岛屿。
中国对南海诸岛的行政管辖始于两汉，西汉武帝元封元年设立了对海南岛和南海的管理机构。唐代海南岛周边的行政区划已包括对南海海域的管辖，如隋朝增设的临振郡，唐代的振州（今三亚市）对南海南部海域有管辖权。元朝至元十五年，海南的琼州路成立，南海诸岛仍由吉阳军管辖，元世祖忽必烈派郭守敬进行天文测量，进一步确认主权。明朝时期，南海诸岛划归琼州府，清朝前期和中期沿袭明朝制度，而东沙群岛归属惠州，西沙、中沙、南沙群岛则由海南万州管辖。
民国时期，西沙群岛划归海南崖县（今三亚市），二战后中国政府在西沙和南沙群岛进行接收，彰显主权。中华人民共和国成立后，继续对西南中沙群岛及其海域行使主权，办事处的历史沿革反映了中国政府对这些岛屿和海域的持续管理和开发。
海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处（简称西南中沙群岛办事处，西沙办事处或西沙办）是中国海南省人民政府的行政机构，自1959年3月份设立，负责行使西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛及其边临海域的主权与管辖权。西、南、中沙群岛办事处为县级编制，办事处驻西沙群岛上的永兴岛虚拟镇。海南省省委的派出机构称作中国共产党海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛工作委员会（简称西南中沙工委或西沙工委）。