水电工程的竣工验收有着明确的管理规定，主要在第四章展开。首先，项目法人需在工程完工或机组发电后一年内启动验收工作，可以选择单独或与枢纽工程专项一并进行。若单独进行，需经省级发展改革委、能源局初审并提出意见，然后向国家能源局提交验收申请。中央管理企业或计划单列企业集团的项目还需经其上级机构的审批。
验收申请报告应详尽，涵盖项目基本情况、工程建设运行情况、专项验收计划及总体安排等。验收工作由验收主持单位组织，通常会与省级发展改革委、能源局，以及项目法人所属集团和专家共同组成验收委员会。委员会的主任委员由验收主持单位的负责人担任，副主任委员则由相关部门负责人担任。
在专项验收完成后，项目法人需提交工程竣工验收总结报告，包括各专项验收的结论、处理情况和遗留工程的验收计划。水电工程需满足通过竣工验收的四个条件，包括完成所有专项验收、专项验收意见明确通过、处理遗留问题和尾工以及符合其他规定。
验收委员会完成验收后，会出具竣工验收鉴定书，此鉴定书随后由验收主持单位上报国家能源局。能源局收到相关材料后，确认工程符合条件后颁发竣工验收证书。最后，项目法人需按照国家规定办理档案和固定资产移交等后续手续，以完成整个验收流程。
为加强水电工程建设管理，规范验收工作，保障水电工程安全及上下游人民生命财产安全，根据《水库大坝安全管理条例》、《建筑工程质量管理条例》和国家有关法规，制定《水电工程验收管理办法》。该《办法》于2011年8月13日由国家能源局以国能新能〔2011〕263号印发。《办法》分总则、工程蓄水验收、枢纽工程专项验收、竣工验收、附则5章33条，自发布之日起施行。