“2016中国最好大学排名”综合排名中有310所高校上榜，清华大学、北京大学、浙江大学、上海交通大学、复旦大学雄踞前五，成为中国高校金字塔尖端上的殿堂级学府。
5-10名分别是南京大学、中国科学技术大学、哈尔滨工业大学、华中科技大学、中山大学。综合排名百强高校在地域分布上存在不均衡，北京高校最多，有18所，其次是江苏省，有16所。河南、江西等省份依旧没有高校进入百强。排名前列的大多是部属、央属高校，但也有个别地方高校表现抢眼，苏州大学由2015年的34名升至今年的26名，上海大学位列第46名，成为前50名中仅有的两所地方高校。
中国最好大学排名从指标评价内容的重要性和指标本身的适切性角度出发精选了9项指标构建指标体系。其中人才培养方面2项，即反映生源质量和人才培养声誉的“新生高考成绩”、反映培养结果的“毕业生就业率”；
科学研究方面4项，分别是体现科研规模的“论文数量”、体现科研质量的“论文质量”、体现顶尖成果的“高被引论文”、体现顶尖人才的“高被引学者”；
服务社会方面3项，包括测量科技服务贡献的“企业科研经费”、测量产学研合作的“校企合作论文”、测量成果转化效益的“技术转让收入”。排名负责人程莹博士指出，”中国最好大学排名指标选择的导向是反映学生、雇主、学者、企业等大学服务对象对大学的‘集体判断’，充分体现了排名作为第三方市场评价的独特价值。“