1、类型不同
工学硕士属于学术型硕士，工程硕士属于专业型硕士。
学术型学位包括：哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学。专业学位包括：工商管理硕士（MBA）、法律硕士、公共管理硕士、教育硕士、公共卫生硕士、体育硕士、软件工程硕士、工程硕士、会计专业硕士、建筑学硕士、临床硕士、艺术硕士、风景园林硕士、农业推广硕士专业学位、兽医硕士专业学位等。
2、培养方向不同
全日制学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；GCT专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。全日制专业型硕士是国家为了克服学术型硕士的不足新增的一种新硕士，培养的是现在市场紧缺的应用型人才。
3、招生条件不同
全日制学术型硕士则不需要报考者有一定年限的工作经历。GCT专业硕士要求报考者有一定年限的工作经历，绝大多数专业硕士还要求在职人员报考需经所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至要求所在单位推荐等。国家09年新增的一月份统考的全日制专业型硕士并不要求工作经验，招生条件跟原来的学术型硕士一样，应届生可以报考。
4、招生考试不同
全日制学术型硕士的招生考试只有年初的“统考”，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。专业硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可以自行选择，而这两大国家级别的考试的专业考试，也由各招生单位自行命题、阅卷。GCT在职硕士是参加10月份的联考，全日制专业硕士跟原来全日制学术型硕士考试时间一样，都是每年一月份初试。
工学硕士就是我们一般所说的考普研。工程硕士是在职研究生。
🎓学历学位证
普研是有学历学位证得，而工程硕士只有学位证书。
💰奖学金
工程硕士是没有奖学金的，一般都是自费或是单位报销的。
👨💼工作经验
工学硕士的工作经验是没有的，相反工程硕士是有一定工作经验的。
📝论文导师
工程硕士在做论文的时候是两个导师，一个校内一个校外的。