办健康证不合格是会通知检查者的。这种情况需要到医院进行体检，如果有哪一项不合格，会电话通知你。而且一般情况下，会有复查的机会。
健康检查主要涉及的疾病为：病毒性肝炎、痢疾、伤寒、活动期肺结核、皮肤病和其他有碍健康的疾病。
如果查出患有这些疾病，则不得从事直接接触入口食品、理发美容、公共浴室等直接为顾客服务的工作，需等到治愈后才可以工作。
办理健康证只对服务对象有利，对于相当部分的工作人员来说，则是既出钱又麻烦而且有失业的风险。其实，健康证的内容主要涉及传染病的检查，为了保障服务行业方的健康安全，对于从事有毒、有害、放射性作业的人员来说。
不属于服务行业根本不需要持健康证上岗，所以不能说健康证是了解身体状况、保障健康安全的有效方式。
健康证有不合格怎么办
1、办理健康证时，发现不合格。则证明体检人身体有问题，不适合于从事卫生与食品相关的行业。
2、接到不合格通知后，不必要惊慌，需要到医院作进一步的检查，早查出毛病早治，会对身体健康有益得多。
健康证是健康检查证明，证明开始了健康检查。它主要涉及五个行业六种疾病，在很大程度上保护了从业人员和服务对象的健康。
根据《食品卫生法》、《公共场所卫生管理条例》等法规，从事食品生产经营，公共场所服务，化妆品、一次性医疗卫生用品等专业生产，有毒、有害、放射性作业，幼托机构保育这五大行业的相关人员必须拥有健康证。
健康检查主要涉及的疾病为：病毒性肝炎、痢疾、伤寒、活动期肺结核、皮肤病和其他有碍健康的疾病。如果查出患有这些疾病，则不得从事直接接触入口食品、理发美容、公共浴室等直接为顾客服务的工作，需治愈后方可工作。
办理健康证只对服务对象有利，对于相当部分的工作人员来说，则是既出钱又麻烦而且有失业的风险。其实，健康证的内容主要涉及传染病的检查，为了保障服务行业方的健康安全，对于从事有毒、有害、放射性作业的人员来说。不属于服务行业根本不需要持健康证上岗，所以不能说健康证是了解身体状况、保障健康安全的有效方式。健康证：
1、健康证需要到正规的医院办理，如果检查不合格便不发放健康证，医院一般也会告知不合格的原因。
2、办理健康证的检查项目都是常规项目，包括眼科、内外科、肝功能、胸部透视，等等。
3、从事食品、饮用水生产、公共浴室等工作的人群之所以需要办理健康证，是为了防止伤寒、活动期肺结核等疾病传染。
4、健康证是有时效性的，有效期一般为1年，一年后需要重新办理，每年都必须进行健康检查。
体检和办证流程：统一使用卫生部制定的《中华人民共和国预防性健康检查用表》，按照卫生监督机构确定的人员到健康体检单位进行预防性健康检查。办理健康证前先进行健康查体。
健康证办理流程：带身份证和个人免冠一寸彩色照片2张，领取体检表到收费处缴纳体检费，粘贴照片(另一张领健康证用)、填写好姓名、性别等基本情况。检验室采血、大便肛拭化验。内、外科常规体检。光胸透。完成全部体检项目。查体结果符合发放健康证条件的，查体结果不符合发放健康证条件的，不予办理健康证。
经卫生监督机构组织的卫生法律法规知识培训合格后，将本人正面免冠彩色照片到所管辖的卫生局卫生监督所办理健康证明。
希望以上内容能对您有所帮助，如果您还有其它问题请咨询专业律师。
【法律依据】：《中华人民共和国食品安全法》第四十五条食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度。患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员，不得从事接触直接入口食品的工作。从事接触直接入口食品工作的食品生产经营人员应当每年进行健康检查，取得健康证明后方可上岗工作。
《公共场所卫生管理条例》第十四条凡有下列行为之一的单位或者个人，卫生防疫机构以根据情节轻重，给予警告、罚款、停业整顿、吊销"卫生许可证"的行政处罚：
(一)卫生质量不符合国家卫生标准和要求，而继续营业的；
(二)未获得"健康合格证"，而从事直接为顾客服务的；
(三)拒绝卫生监督的；
(四)未取得"卫生许可证"，擅自营业的。罚款一律上交国库。
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