首先第一部是第二部是同一时空的，和第三部是不同时空的，第三部的阿辽和第二部小贤是穿越时空的朋友，这个详细看秋山辽冒险事记，小贤和阿辽一同对抗千年兽时小贤被植入黑暗种子，因此有第二部黑暗皇帝一出，也有了第三部小贤被称为传说中的驯兽师一说，此处的千年兽是基米拉兽和机械邪龙兽的组合体，详细看
http://baike.baidu.com/view/1200419.htm。其实我后来不经意间发现第一部剧场版【我们的战争游戏】中有个镜头中出现了阿辽，还有个镜头出现了第二部的小京，我才发现原来早有伏笔。其余第四部、第五部、第六部都是处于不同时空的，你说的第五部里的比丘兽和亚古兽不是第一部的，不同时空有同种类的数码宝贝很正常- -。第六部是数码宝贝的完结篇，也是另一个时空的故事，最后历代数码宝贝主角全部来到大器那个时空来协助一起消灭晶界兽，这个我看的是相当的热血沸腾啊！各种进化，很燃！每个时空都有数码宝贝与一段刻骨铭心的友情。本回答被提问者采纳