清廷于康熙十二年（1673年）下令撤藩。吴三桂闻讯后叛清。自称周王、总统天下水陆大元帅、兴明讨虏大将军，发布檄文，，联合平南王世子尚之信、靖南王耿精忠及广西将军孙延龄、陕西提督王辅臣等以反清复明为号召起兵反清，挥军入桂、川、湘、闽、粤诸省，战乱波及赣、陕、甘等省，史称三藩之乱。清政府调重兵全力镇压叛乱，逐渐扭转了战局，康熙十七年（1678年），吴三桂在衡州（今衡阳）称帝，称衡州为“应天府”，国号大周，建元昭武。其本人也开始蓄发，改穿明朝皇帝冠袍。同年秋在衡州皇宫病死 。其孙吴世璠继位衡州，退据贵阳、云南 。康熙二十年（1681年）昆明被围，吴世璠自杀，余众出降。吴三桂的子孙后代几乎被彻底杀光，包括襁褓中的婴儿，其中一些为躲避诛九族，在贵州、云南部分地区隐居数百年。《清史稿》有吴三桂本传。
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