应该用批复。批复是上级机关答复下级机关请示事项的答复性公文，具有权威性、针对性和指示性等特点。凡是批复，必须是针对下级机关请示事项而发，内容单纯，针对性强。为了体现这种针对性，批复的公文标题中“事由”这部分是需要特别注意的，大致有两种写法，一种是用表示关联范围的介词“关于”加上请示或批复的事项来表述，如《国务院关于1991—2000年全国治沙工程规划要点的批复》；另一种是在“关于”和请示或批复事项中间再插入一个表态动词“同意”来表述，如《国务院关于同意开放×××航空口岸的批复》。
公文中的通知是上级机关对下级机关、组织对成员告知有关事项的公文。通知适用于批转下级机关公文，转发上级机关和不相隶属机关的公文；发布规章；传达要求下级机关办理和有关单位需要周知或者共同执行的事项；任免或聘用干部。通知大多属下行公文。通知和批复最大的区别是：通知是主动行文，主动的告知对象某个信息；批复是被动行文，先有请示后有批复，一来一往，是针对下级报来请示的事项表明意见和态度，一般不会包含超出下级请示事项的内容。
函是不相隶属机关之间相互洽工作、询问和答复问题，或者向有关主管部门请求批准事项时所使用的公文。函作为公文中典型的一种平行
文种，在行文方向上，不仅可以在平行机关之间行文，而且可以在不相隶属的机关之间行文。在你所述问题中，企业向主管政府部门请示问题，在业务上是管理与被管理的关系，是上下级关系，显然不应当应用函。