清朝县衙基本沿用了明制
“居中而治”的衙署
衙门建置
清代各级衙门的建置，从建筑布局到衙署结构甚至油漆彩绘，都因其等第、级别、职能的不同而有很大差别。清朝规定：“各省文武官皆设衙署，其制，治事之所为
大堂、二堂，外为大门、仪门，宴息之所为内室、为群室，吏攒办事之所为科房。官大者规制具备，官小者依次而减。”通常情况下，建制完善的衙署同时要满足各种办公、居住等需要。大堂、二堂等作为主建筑位于中轴线上，此外，衙署内还有架阁库用来保存文牍、档案，而仓库、军器库、监狱等设置也必不可少。绝大多数地方衙署还附设官邸，以供官员及其眷属居住。
中国古代的城市建设，大多根据《周礼·考工记》的设计思想进行布局，同时受风水理论影响。衙门是一方或一座城市的主宰，按照风水观念，衙署通常都位于城市中央，即所谓“正穴”之所在，穴是聚气的焦点，南向为正，居中为尊，有“居中而治”之意。故又有“衙门口朝南开”的俗谚。这种坐北朝南、居中而治的设计思想，要求主体建筑必须集中在一条南北中轴线上，自南而北依次为照壁、大门、仪门、戒石亭。戒石亭的左右通常为六房。主体建筑由大堂、二堂、三堂等构成，是长官及其所属人员办公的地方，佐贰官、属官不能位于中轴线上，而只能居于东西副线上，以体现身份地位的差别。此外，衙署建筑还要体现“文左武右”“前衙后邸”等设计思想。地方衙门的监狱都设在大堂西南仪门之外，因为按照《
易经》及八卦学说，这一位置属于“坤位”，即所谓“阴之极”，故称之为“南监”。
按照“吉地不可无水”的观念，衙门还要接山近水，建在高处，这样才有居高临下控制全局的含义，同时也能防患水灾，因而又有“
京都以朝殿为正穴，州郡以公厅（大堂）为正穴，宅舍以
中堂为正穴，坟墓以金井为正穴”的说法。
就格局和体制来说，地方大小衙门是缩小了的皇宫，而皇宫是放大了的衙门。对此，冯友兰在
《三松堂自序》中有深刻的解读，他说皇宫的“大清门”表示这个衙门的主人是清朝的最高统治者，在
天安门和大清门中间这段前卫墙的外面，东西各有三座大衙门，东边三座是吏、户、礼三部，西边三座是兵、刑、工三部，这相当于县衙大堂前东西两侧的六房。
太和殿就是“大堂”，中和殿是“二堂”，保和殿是“三堂”，保和殿后就是乾清门，它将外朝与内廷明确区分开来。
清代沿用明朝洪武二十六年的规定，官员造房不许用
歇山转角、重檐重拱，六至
九品官，厅堂三间七架，梁栋饰以土黄，门一间，黑色铁环，因而州县衙门都是黑漆大门。同治《
攸县志》的作者在具体解释县衙署的含义时说，县是弦，希望一县的当政者不曲如弦，衙署的清色，是为了让士民有敬畏感。攸县的县衙也居于县城中心，东有文庙、训导署，西有元帝宫、三官殿等建筑，衙署
前南面是照壁，其对面是头门，进去是仪门。仪门东侧是土地祠和典史署，西侧是监狱和仓库。再向里是一架牌楼，两侧是胥吏办公的科房，正对着的是大堂（正堂）。正堂后面为川堂，再后是上房，这是县令的家庭居室。
“居中而治”的衙署(2)
曾在清代州县衙门担任过幕友的陈天锡具体描述了湖南
麻阳县衙署的建筑规制：
衙署坐北朝南，大门前有一道照壁，画一只四脚兽，其名谐音“贪”，意思是警戒做官的不可贪婪。照壁稍后，东南两方，各有牌坊为东西辕门。由辕门进来，正中是大门。大门有三个，一个正门，两个侧门，上面画有门神。门的上方有一个匾，写有“麻阳县”三个字。正对着大门，隔开一个相当的距离，便是二门，也是三个。正门上有匾额，写“仪门”二字，取“有仪可象”的意思。仪门之内是一个大天井，正中有一个牌坊，横额写着“尔俸尔禄，民脂民膏，下民易虐，上天难欺”，这就是通常所说的戒石铭。天井的两旁便是书吏办公的地方，通常依吏、户、礼、兵、刑、工六房的次序分左右排列。有的州县六房之外，再添出两三房，如承发房、粮房、仓房等。如果还有
空房间，便给差役们用。由牌坊直入，经过相当距离便是大堂。大堂中央是暖阁，暖阁当中横摆着公案和高背椅。公案前面垂着桌围，桌上放有砚台、笔架、签筒等常用办公品。
暖阁下的前面及左右两旁都有相当大的空间，右边放着一张小桌和凳子，是在问案时给书吏做笔录用的。左边有一只木架，上面放着一只大鼓，县官升堂退堂时都要鸣鼓。暖阁前的空间则是给当事人、证人跪着听审的。衙役也在此及左右两旁站着应役。
从大堂正中再入一道大门，便是二堂。大门之右陈设一磬，主官经此到大堂时，便有差役在此鸣磬。二堂中央的暖阁及暖阁上的公案等陈设，和大堂完全相同，但没有鼓。事实上公案及公案上陈设的签筒、笔架、砚台与右方高架所置印箱、诰轴，只有一套，经常摆在二堂暖阁上，主官在大堂问案，就移在大堂。从二堂后壁正中再入一门，便是三堂，这是主官家属所在的内宅。
邻接这些建筑，通常另有几处房屋、院落，供主官平时治事、会客及幕宾、门丁居住之用，但没有一定规制。（参见张伟仁：《清季地方司法——陈天锡先生访问记》，载《食货月刊》第六卷。）
很多州县衙门都毁于明清鼎革之际，大约康熙中叶，陆续重新建造完毕，而在偏远省份，直到乾隆时期，仍有不少衙门是租民房办公的。据《采风类记》记载，江南州县衙门多在明末毁掉，如
长洲县衙，直到康熙二十四年（1685），才予以重建，先建大堂，随后建吏役皂房。昆山县衙顺治二年毁于兵燹，县官僦居民房，相沿二十余载，直到康熙六年开始兴建，后又增建谯楼、仪门、甬道，中为戒石亭、正堂、穿堂、后堂、内衙。康熙十年，重建尊贤堂，及东廊吏员房舍50间。
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