如何评价总RNA或mRNA的质量

Question

如题所述

Answer 1

1. 相关概念
RNA质检参数OD260/OD280、OD260/OD230的意义。

260、280、320、230nm下的吸光度分别代表了核酸、蛋白质、盐浓度和有机溶剂的值。

A230: 测定其它碳源物质，如酚，糖类等。

A260：核酸的吸收峰测，测RNA，DNA，引物等的浓度用的。

A280：蛋白质的吸收峰。

一般的，我们只看OD260/OD280(Ratio，R)在1.8~2.1范围内时，我们认为 RNA中蛋白的污染是可以容忍的，不过要注意，当用 Tris 作为缓冲液检测吸光度时，R 值可能会大于 2（一般应该是<2.2的）。当R < 1.8时，溶液中蛋白的污染比较明显，可以根据自己的需要决定这份RNA 的命运。当R > 2.2时，说明RNA已经水解成单核酸了。纯RNA的OD260/OD280的比值为2.0。

2. RNA质量检验
RNA样品的品质检测一般分为总量，纯度与完整性三大项。

总量：微量分光光度计测260nm吸收值计算。

纯度：微量分光光度计测260nm/230nm吸收值的比值，用于评估有机溶剂残留；260nm/280nm吸收值的比值，用于评估蛋白质污染比例。

完整性：以Agilent Bioanalyzer进行毛细管电泳(capillary electrophoresis)，并以软件的RIN(RNA Integrity Number)分数评估，10为RNA完整性最好，0为最差。

l RNA纯度

RNA在纯化过程中容易受到DNA、蛋白质及有机溶剂的影响，这些残存物将会影响以后的操作。光谱分析(NANODROP)利用物质对不同波长光的吸收度的不同，可以鉴别出溶液纯度及浓度。RNA溶液的A260/A280的比值是一种RNA纯度检测方法，比值范围一般为1.8-2.1。各项实验对RNA纯度要求不一，比如即使比值超出这个范围，RNA样品也一样可以用于一些普通实验中，如Northern杂交、RT-PCR、荧光定量PCR和RNA酶保护等实验。