13号线建设初期，与1、2号线地铁曾经采用部分脱网的方式运营，西直门站位於西直门立交桥的西北角，而距离最近的2号线西直门站西北口距离13号线车站也非常遥远，而当时转乘通道的修建也没有考虑，乘客每次转乘时需要先从各自的站点检票出站，再进入转乘的线路车站内购买新的车票，十分麻烦，并且需要购买双份车票。因此西直门站成为了当时北京转乘最为麻烦的一站。
後来为了改变这种情况，地铁公司曾於2002-2006年发行“5元联票”（正式名称：北京地下铁道转乘车票），乘客如需在13号线和1/2号线系统之间转乘，则需要购买“联票”，进入1/2线时撕掉1/2线副票，进入13号线撕掉13号线副票，虽然一定程度上缓解了转乘压力，但是仍然需要出站进行转乘。
2006年5月，北京地铁实行交通一卡通，为了让两站顺利联通，曾在2号线西直门站西北口至13号线入口修建了长达数百米的导流栏杆，将两站链接，但仍然需要出站进行转乘。而且在遇到高峰时段，两站之间数百米的队伍也让乘客无法接受。
2008年3月28日位於13号线的附属商业中心西环广场开放，同时北京北站也开始实施改造，车站南移至地铁两站之间的广场，随着北京北站改造完毕，2008年6月同时负责北京北站，13号线，4号线，2号线转乘的西环广场地下转乘枢纽正式完工，也标志着西直门站终於成为一个整体，成为北京最大的地铁转线站。
除此之外，13号线也有部分站点没有考虑到之後的规划，为之後地铁修建转乘带来了不便，如13号线与10号线转线站知春路站和芍药居站，与5号线转线站立水桥站，8号线的霍营站，都存在需要通过不断上下楼和超长转乘通道进行转乘的现象，十分麻烦。昌平线转线站西二旗站则直接放弃原有车站，修建新的同台转乘车站。而部分线路与13号线的交叉处也没有车站，新线路修建时则需要再施工加站，如13号线与15号线西段的转线站清华东路西口站，由於13号线的车站尚未建设完成，因此该站暂时无法实现转乘，具体时间待定。 北京地铁13号线车站列表车站名称 所属区段开通日期可转乘路线 所在行政区西直门站 西段2002年9月28日北京地铁2号线、北京地铁4号线
（出站：市郊铁路S2线、国铁） 西城区明光桥西站规划中北京地铁9号线海淀区 大钟寺站 2002年9月28日北京地铁12号线（2019） 知春路站 北京地铁10号线 五道口站 （可直接进入北京地铁15号线） 清华东路西口站 规划中北京地铁15号线上地站 2002年9月28日无清河站规划中北京地铁昌平线西二旗站
（老站） 2002年9月28日无西二旗站
（新站） 2010年12月25日
同日老站停止使用 北京地铁昌平线龙泽站 2002年9月28日无昌平区回龙观站 霍营站北京地铁8号线建材城东路站东段预留车站无立水桥站 2003年1月28日北京地铁5号线 朝阳区北苑站 无 望京西站 北京地铁15号线、
北京地铁17号线（2019） 芍药居站 北京地铁10号线 光熙门站 北京地铁12号线（2019） 柳芳站 无东直门站 北京地铁2号线、北京地铁机场线 东城区注释： 已开通的车站和区段用格底色表示，未开通的车站和区段无格底色。 “可转乘线路”中仅包含2020年北京轨道交通规划中的线路，括号内为在建线路开通年份。 为方便内链，车站名称以“站名+‘站’”的形式呈现。 清华东路西口站为预留车站，2015年前还未开工。 安全门已於2013年9月安装完毕，车站在高峰时段才使用，平时不使用。 西二旗（老站）不再使用，轨道拆除，入口封闭。 由於清华东路西口站尚未开通，乘客可在15号线清华东路西口站出站後直接进入13号线五道口站乘车，不需要二次购票或刷卡。 13号线首末车时刻表车站名称首车时间全程末班车时间半程末班车时间车站名称往西直门往东直门往西直门往东直门往霍营往回龙观西直门——5:35——22:4223:45——大钟寺5:265:3923:3422:4623:49——知春路5:245:4223:3222:4923:52——五道口5:215:4423:2922:5123:54——上地5:155:5023:2322:570:00——西二旗5:115:5423:1923:010:04——龙泽5:065:5923:1423:060:09——回龙观5:036:0123:1123:080:11——霍营5:005:0023:0823:11——0:11立水桥5:565:0523:0323:17——0:06北苑5:525:0822:5923:20——0:02望京西5:455:1622:5223:27——23:55芍药居5:425:1922:4923:30——23:52光熙门5:395:2122:4623:33——23:49柳芳5:375:2322:4423:35——23:47东直门5:35——22:42————23:45注：东直门站往西直门站的全程末班车发车後，由东直门站发出列车的终点站为回龙观站。
西直门站往东直门站的全程末班车发车後，由西直门站发出列车的终点站为霍营站。
※遇特殊情况需临时调整时，以北京市地铁运营有限公司公告为准。
（首末车时间参考资料 ） 架空架空 架空 北京地铁13号线车站信息车站名称 敷设方式站厅形式月台形式 开门方向参考资料西直门 架空整体式站厅西班牙式月台布局 左侧或右侧 大钟寺 分离式站厅侧式月台 右侧 知春路 地面 五道口 架空 清华东路西口（未开通，未知该站站厅形式）（未开通，未知该站月台形式）未知 上地 地面整体式站厅侧式月台 右侧 西二旗 整体式站厅
（与昌平线共用） 龙泽 架空整体式站厅 回龙观 地面双岛式月台 全程车左侧
区间车右侧 霍营 全程车右侧
区间车左侧 立水桥 架空侧式月台 右侧 北苑 地面一岛一侧式月台 上行列车左或右侧
下行列车右侧 望京西 侧式月台 右侧 芍药居 光熙门 柳芳 东直门 地下 北京地铁13号线道岔分布 北京地铁13号线 西直门站北侧知春路站北侧单渡线上地站南侧单渡线、存车线回龙观站东西两侧、西侧国铁联络线霍营站东侧渡线、库线 立水桥站西侧联络线、单渡线北苑站南侧单渡线望京西站南侧双渡线光熙门站南侧单渡线东直门站站後渡线折返线
