(1)艾滋病毒是逆转录病毒，在由逆转录酶将病毒RNA转录成DNA时，核酸序列容易出现错误，艾滋病毒缺乏修复的能力，因此不断地出现某些碱基的改变，形成病毒的变异。病毒感染产生免疫力或经疫苗的免疫，在免疫压力下，病毒又发生新的变异，使免疫失效。
(2)艾滋病毒的DNA整合到人细胞的DNA中，成为细胞的一部分，无法去除。
(3)艾滋病毒感染可整合到二类细胞。嗜M病毒感染和整合到巨噬细胞和树突状细胞等，病毒不能破坏此种细胞，反而使此种细胞成为病毒的存储细胞，免疫力难于达到这种细胞内抑制病毒或破坏病毒。因此，病毒可以长期存在，并不断地复制出新的病毒，机体免疫力无法去除这种病毒；另一种是嗜T细胞病毒，它们不断地破坏机体的细胞免疫系统CD4细胞，变异的病毒能逃脱机体的免疫力，又不断破坏CD4细胞，成为免疫缺陷性疾病，并发由各种病原引起的机会性感染，病人最终衰竭死亡。
(4)从艾滋病的发病过程来看，艾滋病毒初次感染时，经过数周，病毒不断复制，血浆中的病毒载量迅速上升，并出现发热等各种症状和体征，这时候机体首先出现很强的特异性细胞免疫(CTL)，病毒载量随之急剧下降，接着出现抗体。由此看来细胞免疫在机体防御艾滋病毒的感染中起重要作用。随后在一个相当长的时间内，病毒载量处于低水平，病人没有症状或体征。但随着时间的延长，病毒由嗜M毒株逐渐变成嗜T细胞病毒，以一定的速度破坏CD4细胞最终引起病人的免疫缺陷，疾病迅速发展，病人最终死亡。由此可见，尽管病人最初产生很强的细胞免疫力，消灭大量病毒，但经过数年的无症状后，最终仍发生艾滋病。这表明即使病毒感染初期，机体能产生很强的免疫力，也避免不了病人最终死亡的结局。这就提出了这样的问题，用疫苗免疫能使机体产生足够的免疫力来防御艾滋病毒的感染吗?这也表明了疫苗免疫预防是很困难的。
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