1958年4月25日-1959年3月18日，开始筹建中国农业科学院家禽研究所，先后在扬州萃园桥招待所和扬州北乡许巷办公，受中国农科院和中国农科院江苏分院的领导。 1959年3月28日-1960年9月9日，挂“中国农业科学院家禽研究所”牌子，启用“中国农业科学院家禽研究所”公章，设立办公室、品种繁育研究室、饲养管理研究室、孵化研究室、禽病研究室、试验场等6个部门。
1960年9月10日-1960年12月31日，增挂“江苏省家禽科学研究所”牌子，启用“江苏省家禽科学研究所”公章。即一套班子，两块牌子，受中国农科院和中国农科院江苏分院双重领导，所部在所院内红大楼办公。
1961年1月1日-1968年9月10日，部属所下放到省，挂“江苏省家禽科学研究所”牌子，继续启用“江苏省家禽科学研究所”印章，归中国农科院江苏分院领导，第一任所长吴学友，副所长夏冰。内部组织机构为办公室，饲养管理研究室，品种繁育研究室，禽病防治研究室，试验禽场等5个部门。
1968年9月11日-1970年12月23日，挂“江苏省家禽科学研究所革命委员会”牌子，启用“江苏省家禽科学研究所革命委员会”印章，归中国农科院江苏分院革命委员会领导，所革命主任委员由吴学友担任，副主任委员由李万鑫担任，所部办公地点不变。
1970年12月24日-1974年3月15日，我所下放到县，挂“江都县家禽养殖场革命委员会”牌子，启用“江都县家禽养殖场革命委员会”印章，受中国农科院江苏分院革命委员会和江都县革委会领导，夏冰任革委会主任，所部办公地点不变。
1974年3月16日-1979年8月27日，按照《江都县家禽养殖场改为省家禽科学研究所的通知》要求（苏革发[1974]13号文），挂“江苏省家禽科学研究所革命委员会”牌子，启用“江苏省家禽科学研究所革命委员会”印章，受江苏省农业局革命委员会领导。
1979年8月28日，撤消革委会，成立所委会，挂“江苏省家禽科学研究所”牌子，启用“江苏省家禽科学研究所”印章，受江苏省农林厅领导，所委会由方陔,许翥云、张复佳、陈锷四同志组成。
1987年6月，科研体制改革，科研单位归口管理，事业经费归口江苏省科委，接受江苏省农林厅和江苏省科委双重领导。
1990年10月1日- 2002年11月14日，扬州所部实验楼、培训楼及四幢宿舍楼相继建成使用，所部及相关部门由邵伯大院迁至扬州市桑园路46号扬州大院办公，期间，刘立人，徐少华，丁铲先后任所长，接受江苏省农林厅和江苏省科委的双重领导。
2002年11月15日-至今，增挂“中国农业科学院家禽研究所”牌子（中国农科院人函（2002）11号），接受江苏省农林厅，江苏省科技厅和中国农科院三重领导，在这期间，丁铲、周新民、邹剑敏先后任所长。现任所长邹剑敏，党委书记邢进才，所部办公在桑园路46号所扬州大院内。
