《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第一条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
根据上述规定，对分期开发的项目，应以分期项目为单位清算。企业分三期开发房地产，土地增值税清算时，应分三期进行清算，不能合并一次进行清算。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第三条规定，各地要进一步完善土地增值税预征办法，根据本地区房地产业增值水平和市场发展情况，区别普通住房、非普通住房和商用房等不同类型，科学合理地确定预征率，并适时调整。工程项目竣工结算后，应及时进行清算，多退少补。
对未按预征规定期限预缴税款的，应根据《税收征管法》及其实施细则的有关规定，从限定的缴纳税款期限届满的次日起，加收滞纳金。
对已竣工验收的房地产项目，凡转让的房地产的建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上的，税务机关可以要求纳税人按照转让房地产的收入与扣除项目金额配比的原则，对已转让的房地产进行土地增值税的清算。具体清算办法由各省、自治区、直辖市和计划单列市地方税务局规定。
根据上述规定，企业按分三期项目进行土地增值税清算。各分期项目竣工结算后，应及时对各项目进行清算，多退少补。而不能各分期项目清算后，将三期合并确定多退少补税款。