按照lz的行程，如果单纯使用通行证，是需要澳门签注一次，香港签注两次才能完成；或者细说一下持通行证进行lz所计划的行程，签注使用的情况吧，
上海飞香港，香港入境；香港坐船前往澳门，香港离境；香港签注就使用掉了。
进入澳门，澳门入境；坐船返回香港，澳门离境；澳门签注使用掉了。
进入香港，香港入境，坐飞机返回上海，香港离境；这也需要一次香港签注。
但lz的通行证当中的澳门和香港签注都是一签一行，这样是不能补签（因为申请的时候，就提供了可选的一签一行和一签二行，故没有补签的说法）。
因此lz如果只持有通行证的话，在离开澳门的时候，就需在澳门那边预办登机手续，然后直接坐船到香港国际机场候机，不再入境香港。
如果lz一定要再次进入香港，那么就得使用护照（最好有第三国签证）和机票，以过境身份入境香港而获得免签逗留。