玉帝指定如来佛祖降服孙悟空彰显了玉帝的大智慧，因为这样做可以达到一箭双雕、一石二鸟的目的；既能把不听话的孙悟空制服还能考察如来佛对自己是否足够忠心。在《西游记》中西天佛教和天庭道教其实是一家或者说如来佛的佛教归属于道教天庭的领导，也就是说玉皇大帝是皇帝，如来佛祖则是玉帝分封到西天灵山的一方诸侯，双方本质上还是君臣关系。
众所周知，周朝的时候就出现了中央皇权式微而地方诸侯强大的局面，最终那些诸侯们不把周朝的皇帝放在眼里，最终导致东周分崩离析，形成了春秋战国诸侯混战的情形，后来才有了春秋五霸和战国七雄。最终还是秦始皇雄才大略消灭了六国统一了天下建立了中国历史上第一个封建王朝大秦帝国。
为什么要提春秋战国诸侯混战呢？那是因为在《西游记》的世界里玉皇大帝统治的天庭跟东周列国的状况相似，西游世界里的道教体系分为：三清、四御、五老、六司、七元、八极、九曜、十都，其中地位最高的大神是“三清”也即太上老君、元始天尊和灵宝天尊。当然三清不理政事，把天庭的管理权下放给了玉皇大帝。
玉皇大帝下面的五老、六司、七元、八极、九曜、十都就是分封在四大部洲的各路诸侯。天庭其实跟人间封建王朝没有本质区别，觊觎天庭皇帝宝座的神仙也是大有人在，玉皇大帝为了保住自己的龙椅和皇权也是殚精竭虑。
天庭下面的诸侯最让玉皇大帝不放心的就是五方五老之一的西天佛老如来佛祖。其他诸侯再怎么厉害终究是属于道教嫡系，唯独如来佛祖控制的西天极乐世界偏偏搞了个佛教。佛教远离天庭，在自己的地盘上发展壮大，已经形成了拥有三千诸佛、五百阿罗、八大金刚、无边菩萨等强大势力。
如来佛祖平时不上朝远离玉皇大帝的监控，时间久了自然会引起玉帝的猜忌。玉皇大帝很担心如来佛祖会像春秋五霸或者战国七雄那样架空自己，于是一直想找机会考察一下如来佛祖对自己的忠诚度。终于机会来了，这个机会就是横空出世的孙悟空搞得一出大闹天宫。
在玉皇大帝的提议下召开了包括三清亲自参加的天庭最高级别秘密会议，在会议上天庭高层制定了针对如来佛祖的方案。读者在阅读《西游记》的时候会发现一个很奇怪的现象那就是孙悟空大闹天宫的时候天庭众多法力无边的大神都在袖手旁观并没有出手对付孙悟空，即便是太上老君也只是象征性的阻止了一下孙悟空。
为什么会这样呢？原因就是众神在落实天庭高层会议精神，为如来佛的出场提供机会。玉皇大帝就是要借助孙悟空大闹天宫的机会给如来佛下一道旨意，看看如来佛究竟遵不遵旨或者遵旨来了以后是不是出工不出力？以此来判断如来佛对天庭的忠心。
如来佛是经验丰富的官场老手，他当然知道玉皇大帝给自己下旨是醉翁之意不在酒，他深知自己的佛教目前根本无力与天庭分庭抗礼，而且自己将要实施的佛法东进的大计还需要仰仗天庭势力的帮助才能成功，当下西天佛教的策略依然需要韬光养晦静待时机。
于是如来佛接旨后马不停蹄赶到天庭三下五除二将孙悟空压在五行山下圆满完成了玉帝交班的任务。玉皇大帝又借安天大会近距离观察如来佛祖的表现，如来佛祖在玉帝面前极其谦卑，这让玉皇大帝龙颜大悦。后来如来佛祖实施西天取经计划得到了天庭的大力协助，这都是玉帝对如来佛考察满意之后进行的回报。
第二个原因，为了让如来在孙悟空面前树立威信，以后好收孙悟空当小弟。用五指山压孙悟空留佛揭，方便唐僧500年后救孙悟空
第三个原因，孙悟空的神通法力太高，性格太暴躁。需要佛祖来坏掉孙悟空的神通，磨练孙悟空的心性。