梵蒂冈是一个宗教领袖制国家，梵蒂冈的元首——即教宗，由80岁以下的枢机主教在西斯廷礼拜堂内举行的教宗选举上选举产生的，任期可达终身。
教廷虽有国家型态，但其存在乃建立于全世界教友之信仰基础上，故其
政治制度不同于一般国家。其中枢组织包括：
国务院：综理教廷行政，并掌理教宗之枢密事务，首长为
国务卿。现任国务卿枢机塔尔齐西奥·贝尔托内为意大利籍。
国务院下设：一般事务组（掌内政）、外交事务组（掌外交），及九个圣部（Sacred Congregations）：信理部、东方教会部、礼仪及圣事部、册封圣人部、主教部、万民福音部、圣职部、修会部及教育部。
宗教法院（Tribunals）：圣赦院、
最高法院及圣轮法院。
十一个宗座委员会（Pontifical Councils）：平信徒委员会、基督徒合一促进委员会、家庭委员会、正义暨和平委员会、一心委员会、移民暨观光委员会、医疗牧灵委员会、法典条文解释委员会、宗教协谈委员会、文化委员会及大众传播委员会（以上各机关首长多由枢机担任，任期五年）。
另有事务机关：宗座财务局、教廷财产管理局、教廷经济事务局、教廷内务管理处、教宗礼仪处及分别掌理特定事务之委员会。此外，教宗为治理梵蒂冈城邦，另设有「
梵蒂冈城国管理委员会」（Pontifical Commission for the State of Vatican City）。
圣座，是教宗及其顾问们在向下属的全球各地的
天主教会发出指令时所使用的正式名称。作为全球天主教会的「
中央政府」，教廷享有
主权国家一样的地位，可以以主权国家的身份签订国际性条约或加入国际组织。教宗授权主教委员会负责管理梵蒂冈的日常事务。梵蒂冈的法律体系是基于教会的教规，当天主教教规不适用时，则使用罗马市的法律。
梵蒂冈可以以主权国家的身份向其他主权国家派出外交使节，也可以接受由其他国家派出的外交使节。但是由于国家面积太小，别国派往梵蒂冈的外交使节一般都在罗马设大使馆。这样做所造成的一个有趣结果是，意大利驻梵蒂冈的大使馆是设在意大利自己国境内。梵蒂冈是中国
台湾当局在欧洲唯一的“邦交国”。
梵蒂冈同174个国家和地区有正式外交关系，在联合国设常驻观察员。