地下水在社会经济发展的各个方面都发挥着巨大作用，取得了巨大成就，但在大规模开发利用地下水的过程中，也存在着一些不容忽视的问题，主要表现在以下几方面。
一、地下水开采过程中存在的问题
（一）管理机制不协调
受历史因素的影响，地下水资源的管理还没有形成以盆地为单元的统一管理体制，像地表水那样进行流域水资源管理，而是行政分割管理体制，这对于一个完整的地下水系统来说是很不适宜的，这种管理体制违背了地下水的自然运移规律，不利于地下水的合理开发利用。就地下水开发利用来说，地下水的勘查在地质部门、水源开采管理在水利部门、给水工程在城建部门、排水治理在环保部门，导致管勘查的不管开发、管开采的不管供水、管供水的不管排水、管排水的不管治污，地下水开发难以形成统一的规划、协调和调度，地下水开采不均衡，有限的地下水资源得不到充分的利用。因此，建立一个能够统一规划、协调和调度整个盆地地下水的统一管理机构，是实现地下水合理开发利用的有效途径，也是今后地下水开发管理工作应该研究、探索的一个重要课题。
（二）缺乏科学的开采方案
打井取水，自古以来开采地下水就是想在哪打井就在哪打井，在开采量很小的情况下，这种开采行为并不会对环境造成破坏。但在具有了25×104眼开采井的大规模开采地下水的今天，混乱无序、随意打井、不讲究科学成井的开采方法，就会给地下水环境带来严重的破坏。布井不合理、造成井间干扰、出水量减少；开采井不做含水层之间止水或止水效果不好造成上层劣质水体对深层承压水的串层污染；废井不做封井处理，成了地下水污染或含水层之间相互污染的通道。
（三）长期超采引起环境负效应
地下水是在不断补给、径流、排泄运动更新着的水体，长期超过补给量开采地下水会引起环境的恶化。首先是出现地下水位下降，开采井出水量减少。如哈尔滨市区长期超采地下水，使地下水由承压水转为无压层间水，地下水位低于含水层顶板10～18 m，单井涌水量衰减30%～50%；大庆油田长期超采地下水，导致形成了5560 km2的地下水位降落漏斗。其次是地下水位下降引起地面沉降，如哈尔滨市区漏斗中心地面沉降达63.82 mm，大庆市降落漏斗中心地面最大沉降量曾达到99 mm。再次地下水位下降引起地表水体面积减小、草场退化、土壤干燥、沙化加剧、生态环境变得脆弱。
（四）水质污染导致可利用资源减少
由于水质污染而导致无法利用的地下水在不断增多，如松原市城区，原第四系承压水是很好的生活供水水源，但江南（前郭区）由于第四系承压水受开采造成的串层污染于2003年不得不放弃作为生活用水，改引龙坑泉群水为江南城区生活用水。江北（宁江区）第四系承压水由于石油污染，生活饮用水也不得不改用新村水源地大安组承压水。许多防氟改水井，由于自身造成含水层串层污染而失去防病功能。由于工业废水、城市垃圾、生活污水排放而导致地下水不能饮用的现象更是普遍。农业面源污染正在扩大，地下水中“三氮”污染越来越严重。一些地区地下水的TDS、总硬度、pH 值、氯化物、硫酸根等增高，超过生活饮用水质标准而失去供水意义。总之随着地下水污染程度的加重，由于水质污染而造成不可利用的地下水资源正在增多。
二、地下水利用中存在的问题
（一）利用率低、资源浪费严重
资源浪费、利用率低是水资源利用过程中存在的普遍现象，农业是用水大户，农业用水占用水总量的72.9%。目前，农业灌溉方式粗放，农业灌溉水利用系数只有47%，抗旱基本是漫灌形式，水田用水过高，农业节水潜力巨大。在工业生产中，万元产值耗水量高，重复利用率低，中水利用工程少。目前，世界发达国家工业用水重复利用率达到70%～80%，而松嫩平原的大中城市还不到40%，小城镇甚至为零。在人们的日常生活中，珍惜水资源的意识还没有形成，距离建立节水型社会的路途还很遥远。
（二）用水结构有待于进一步调整
从总体看，在用水结构中农业用水所占的比例过大，在主要城市中，特别是地下水和地表水联合供水的城市中，地下水开采比例过大。如哈尔滨市，地表水资源非常丰富，利用量仅占入境量的11.66%。工业用水中地下水占29.89%，农业用水中地下水占32.25%，生活用水中地下水占37.86%。一方面是地表水利用率低；另一方面是地下水超采，大量的优质地下水被用在对水质要求不高的农业或工业，造成生活饮用地下水短缺。地下水、地表水联合开发，实行分水质供水，优化水资源配置，最大限度地满足社会经济发展的需要是地下水开发利用调整的目标。
（三）灌溉引起次生盐渍化
大面积开发的水田，特别是低平原区，由于天然排水不畅，水田灌溉使地下水位抬高，致使土壤返盐。由于水排不出去，土壤不能脱盐，造成盐、硝上返重新堆积，形成了次生盐渍化。在一些大型灌区、灌渠周围都有不同程度的次生盐渍化现象，大安、通榆、乾安多处以种稻洗盐、洗碱并没有真正达到治理盐碱的目的，反而造成土壤次生盐渍化。
（四）农村饮水安全重视不够
在广大的农村，生活用水几乎全部来自地下水，农业与农村对地下水的污染日益严重，农村生活用水水质不断下降，一些地区甚至严重超过国家生活饮用水卫生标准，比如东部高平原地下水中大范围的氮超标，低平原第四系承压水中的氟超标，都没有受到高度重视。绥化市有4984个村屯， 224.56×104人生活饮用水中的氟、铁锰、氮超标，占农村人口总数的57.94%。安达、肇东、兰西、青冈、明水等县，氟超标村屯总数仍达1287个，人口为55.16×104人，占农村人口的14.49%。齐齐哈尔市有4180个村屯，219.15×104人生活饮用水不达标，占村屯总数的55.56%，占该市农村人口总数的62.68%。随着大量农药、化肥在使用过程中造成地下水的污染程度加重，农村饮水不安全因素在增多，农村饮水安全将面临严峻考验。
（五）城市应急供水机制不完善
城市是人口、经济密集区，目前，大部分城市没有后备供水水源地，即使有其配套设施也不完善，一旦有事，很难立即发挥作用，这也是地下水利用中的一个薄弱环节，像哈尔滨、齐齐哈尔、松原等城市水源地都是沿江而建，江水污染很有可能导致城市供水水源地污染。为防止城市供水突发事件，应该建立城市应急供水预案，储备能够立即运转、设备良好的后备供水水源地。