行政事业单位会计与企业会计最大的区别是，事业单位会计执行的是收付实现制，企业单位执行的是权责发生制。
权责发生制：
1、也称为应收应付制，是指在会计核算中，按照收入已经实现，费用已经发生，并应由本期负担为标准来确认本期收入和本期费用。
2、处理会计业务时应做到：其一，凡本期内实际发生并应属本期的收入和费用，无论其款项是否收到或付出，均应作为本期的收入和费用处理；其二，凡不应属于本期的收入和费用，即使款项已经收到或支付，亦不应作为本期的收入和费用予以处理。
3、权责发生制能够真实地反映当期的经营收入和经营支出，更加准确地计算和确定企业的经营成果。因此，它在企业会计中被普遍采用。
收付实现制：
1、也称实收实付制，是指在会计核算中，以实际收到或支付款项为确认本期收入和本期费用的标准。
2、处理会计业务时应做到：其一，凡本期内实际收到的收入和支付的费用，无论其是否应归属本期，均应作为本期的收入和费用处理；其二，凡本期未曾收到的收入和未曾支付的费用，即使应归属本期，亦不应作为本期的收入和费用予以处理。
3、收付实现制不能正确地计算和确定企业的当期损益，缺乏合理的收支配比关系。因此，它只适用于业务比较简单和应计收入、应计费用、预收收入、预付费用很少发生的企业以及机关、事业、团体等单位。
行政事业单位会计无所谓难与不难，是我国现行会计体系中的另一分支，具有中国特色，主要思路是借用原苏联会计思想，目前正在进行会计核算接轨，逐渐向企业会计体系，也是国际会计体系靠拢。目前，除了部分会计科目与核算具有一定独立性以外（如各项基金），大部分科目与核算与企业基本一致，包括成本核算。
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