公司采用的是综合计算工时制，除法定假日不支付加班工资违法外（应按工资300%支付工资报酬），其余计算方法符合法律规定。
劳动部
《关于职工工作时间有关问题的复函》
劳部发〔1997〕271号
五、经批准实行综合计算工时工作制的用人单位，在计算周期内若日（或周）的平均工作时间没超过法定标准工作时间，但某一具体日（或周）的实际工作时间工作超过8小时（或40小时），‘超过’部分是否视为加点（或加班）且受《劳动法》第四十一条 的限制？
依据劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第五条 的规定，综合计算工时工作制采用的是以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应于法定标准工作时间基本相同。也就是说，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间并按《劳动法》第四十四条 第一款的规定支付工资报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第四十四条 第三款的规定支付工资报酬。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
追问我想了解的是超过36小时怎么算？
追答 综合工时制，以季度为周期计算，季度延长工作时间超过108小时应为违法，劳动者可以向劳动监察投诉，由劳动监察予以警告，责令改正，并处罚款。
对用人单位延迟工作时间，排除《劳动法》第四十二条规定的情形，劳动者可以拒绝。
用人单位延迟工作时间，超过了国家规定的限度，支付加班工资的办法并不因此不同，超过108小时仍然按延长工作时间150%标准支付工资报酬。
追问谢谢！