1、分类不同：
（1）外切酶按作用的特性差异可以将其分为单链的核酸外切酶和双链的核酸外切酶。
（2）核酸内切酶可分为DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶；RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。一般来说，大都不具碱基特异性，但也有诸如脾脏RNase、RNaseT1等或限制性内切酶那种能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。
2、应用不同：
（1）外切酶可以用来测定基因组DNA中一些特殊的间隔序列和编码序列的位置。
（2）核酸内切酶可用于分析病原微生物DNA，通过酶切消化DNA，来了解到病原微生物遗传物质的一定特性，对于动物病毒尤其是对疫苗毒、野毒及变异毒株的检测具有重要的意义。
3、概念不同：
（1）核酸外切酶是一类能从多核苷酸链的一端开始按序催化水解3、5-磷酸二酯键，降解核苷酸的酶。其水解的最终产物是单个的核苷酸。
（2）核酸内切酶是在核酸水解酶中，为可水解分子链内部磷酸二酯键生成寡核苷酸的酶。
参考资料：百度百科——核酸外切酶
参考资料：百度百科-核酸内切酶
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