根据上述职责，重庆市司法局设11个内设机构和政治部：
（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；负责机关日常工作的协调和督查；承担信息、统计、安全、保密、信访、政务公开、外事等工作。
（二）研究室。负责拟订本市司法行政工作的发展规划和理论研究；负责司法行政工作改革、发展重大问题调研和决策建议；负责重要文件起草工作。
（三）法制处。负责指导监督本市司法行政系统法制工作，起草司法行政地方性法规、规章；负责对本市司法行政系统规范性文件进行合法性审核；负责司法行政系统执法监督检查；负责本市司法行政系统行政复议、行政诉讼、国家赔偿、司法救助等法律事务；负责本市仲裁机构登记工作。
（四）法制宣传处。拟订全市法制宣传教育规划并组织实施；负责法制宣传教育和普法依法治理工作；负责法制建设和依法治市的对外宣传、交流工作；负责司法行政系统的宣传和新闻发布工作。
（五）律师公证工作管理处。负责指导监督律师、公证法律法规和政策执行；负责律师机构、律师执业证的审批登记，公证员执业证书的审核和颁发；负责管理公证机构设立、变更与注销；负责管理在渝设立的国（境）外律师机构；组织开展律师、公证组织及业务的对外合作和交流；负责对律师事务所、公证处和律师、公证员违法违纪执业行为的调查处理；指导监督企事业法律顾问工作。
（六）法律援助工作管理处。指导监督法律援助法律法规和政策执行；负责法律援助机构、法律援助工作人员的监督管理；指导社会组织和志愿者开展法律援助工作；组织法律援助工作的对外交流、协作和业务培训。
（七）基层工作管理处。指导区县（自治县）司法行政部门管理基层司法所、人民调解委员会和司法助理员队伍建设；指导监督人民调解、基层法律服务工作；负责本市基层法律服务所和基层法律服务工作者的年检、注册工作;负责对基层法律服务所和基层法律服务工作者违法违纪执业行为的调查处理。
（八）社区矫正工作管理处。负责贯彻执行社区矫正、安置帮教工作法律法规及政策；拟订本市社区矫正和安置帮教工作规划和计划；组织协调相关部门解决社区矫正和安置帮教工作中的重大问题；指导区县（自治县）社区矫正和安置帮教工作。
（九）司法考试处。承担本市国家司法考试的组织实施工作；负责本市法律职业资格证书的管理工作；开展司法考试的理论研究和对外交流；指导司法行政系统法学教育工作；参与指导面向社会的法学教育和司法行政系统高等职业教育工作。
（十）司法鉴定工作管理处。负责本市司法鉴定机构和司法鉴定人的审核登记、资质管理以及对登记的司法鉴定机构和鉴定人进行业务指导、监督检查等工作；负责对司法鉴定机构及司法鉴定人违法违纪执业行为的调查处理。
（十一）计财装备处。指导司法行政系统财务、物资装备和基本建设管理工作；指导监督司法行政系统中央政法补助专款和基建投资以及市转移支付资金的使用；负责司法行政系统的枪支、弹药、服装、警车配备工作；指导监督监狱、劳教系统固定资产投资和管理工作；负责机关及所属单位财务、国有资产、装备等管理工作。政治部指导、监督司法行政系统领导班子、干警队伍建设和作风建设；负责司法行政系统机构编制、干部人事工作；负责监狱、劳教单位正处级领导干部的考察任免、副处级领导干部职务任免备案工作；承担司法行政系统警务管理和警务督察工作；负责本系统专业技术职务的资格评审、聘任和管理工作；负责机关和司法行政系统干部教育培训工作。
下设干部人事处、警务处（警务督察大队）、组织培训处。
市司法局纪委与市监察局派驻监察室、审计处合署办公负责司法行政系统党风廉政建设和纪检监察工作；负责受理查处机关及所属单位有关人员违法违纪案件；负责机关及所属单位的内部审计工作；负责机关及所属单位和监狱、劳教单位领导干部的任期经济责任审计工作。
机关党委负责机关及所属单位的党群工作。
离退休人员工作处负责机关离退休人员管理工作，指导所属单位离退休人员工作。
