广州市越秀区国家税务局内设9个行政机构，级别为正科级，即：办公室、政策法规科、税政科、收入核算科（财务管理科）、征收管理科（纳税服务科）、进出口税收管理科、人事教育科（离退休干部科）、监察室、办税服务厅。
另设机关党委办公室（正科级）和离退休干部科（副科级，挂靠人事教育科）。
（一）办公室
制定局年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传和外事工作；负责组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；制定办公规章制度；负责督查督办工作；组织实施综合行政管理信息系统；协助领导对有关工作进行综合协调。
（二）政策法规科
进行有关政策法规的调查研究；负责贯彻、建立和推行规范税收执法的规章、制度；负责组织对税收法律、法规执行情况进行监督检查；负责日常管理性监督检查；承办重大税收案件审理的日常工作；负责税务行政复议、诉讼、听证和赔偿等涉税法律事务；负责处理纳税人对涉税事项的复核、申诉；负责规范性文件的会签把关、文件清理、税收检查案件的复查复审以及协调有关处室配合审计、财政监督等部门的外部监督工作；负责税收业务印章（有专门规定的除外）的管理和本单位对外签订合同的把关等工作；办理人大代表建议和政协委员提案等事项。
（三）税政科
负责流转税、所得税（含涉外企业所得税）等税种税政业务的贯彻执行；拟订有关流转税、所得税（含涉外企业所得税）征收管理的具体办法；负责增值税专用发票有关政策的管理；负责金税工程系统运行和增值税防伪税控系统的推广应用及有关流转税业务的管理工作；负责税务案件（重大税务案件除外）的审理；牵头负责纳税评估综合性制度、办法的制定和组织实施工作；负责涉外企业审核评税、纳税评估、国际税收协定执行、反避税实施、情报交换、我国及外国居民跨国收益税收监管等国际税务事项管理；负责现行涉外企业所得税税收政策管理并对执行情况和日常管理情况进行监督检查。
（四）收入核算科（财务管理科）
负责税收计划管理、税收会计、统计和信息数据的分析汇总；承担纳税人申报纳税信息的集中处理和会统核算工作，组织并检查税款入、退库；负责税源资料的调查和测算，进行税收分析，监控重点税源；负责税款缓缴、呆帐税金、死欠税款的核算和监督管理工作；负责对税收票证的管理；负责本局经费、财务、基本建设、装备和资产的资金管理工作；组织内部审计和指导政府采购工作；负责本局的财务管理和监督。
（五）征收管理科（纳税服务科）
组织实施综合性税收征管法律、法规和规章制度并制定综合性税收征管制度和办法；负责税务登记等税收资料的管理；牵头对征管质量的综合考核；指导个体工商户和集贸市场税收征管；负责组织征管软件和除涉及增值税专用发票防伪税控以外的税控器具的推广和应用工作；负责社会协税护税及协助司法机关打击伪造、倒卖、盗窃普通发票等违法活动；负责纳税服务、日常税源基础管理及其综合制度、办法的制定；贯彻上级关于税务代理方面的监督、管理、指导工作。
（六）进出口税收管理科
负责国家进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的审核、年终清算；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反骗税检查。
（七）人事教育科 （离退休干部科）
研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、奖惩、考核、录用、调配、交流、辞退、劳动工资、人事档案管理、专业技术职务、等人事管理工作；负责计划生育管理工作；负责对下一级领导班子和领导干部的监督管理和后备人选的培养选拔工作；负责本局思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理及其实施工作。
离退休干部办公室负责本局离退休干部的管理和服务工作。
（八）监察室
负责本局各级工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及税收法律、法规情况的监督检查；负责本系统党的纪律检查、行政监察和党风廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责信访举报的受理、核查工作；负责本级管理的干部违法违纪案件的查处；按照管理权限负责领导干部的离任审计工作。
（九）办税服务厅
负责纳税人到税务机关办理的各种涉税事项，具体包括税务登记、纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、税法宣传、金税发售、报税稽核、咨询辅导和受理减免申请及有关优惠政策申请等；承办领导交办的其它工作。
另设机关党委办公室，负责本局的党务、工会、共青团、妇联等工作。
