一、固定相不同
正相色谱柱填料极性强,洗脱顺序由弱到强；反相色谱柱填料极性弱，洗脱顺序由强到弱。
非极性色谱柱：常是以硅胶为基质，表面键合有极性相对较弱官能团的键合相。反向色谱所使用的流动相极性较强，通常为水、缓冲液与甲醇、乙腈等的混合物。
极性色谱柱：通常为硅胶（Silica）以及其他具有极性官能团胺基团，如（NH2，APS）和氰基团（CN，CPS）的键合相填料。
二、组成结构不同
非极性色谱柱：100%甲基聚硅氧烷；5%苯基甲基聚硅氧烷，1%乙烯基和5%苯基甲基聚硅氧烷；7%氰丙基7%苯基甲基聚硅氧烷。
极性色谱柱：聚乙二醇—TPA改性；聚乙二醇—20M。
三、应用不同
非极性色谱柱：碳氢化合物；氨基酸、基油；多核芳烃、酚、酯、碳氢化合物、药物、醇；药物、醇、酯、硝基化合物。
极性色谱柱：酸、醇、醛、酯、腈、酮、基油；六六六、DDT等八种含氯农药拟除虫菊酯类、含磷类农药。
扩展资料：
影响色谱柱性能因素有：
一、物理因素：
1、硅胶纯度：硅胶纯度和残留金属离子浓度，硅胶的杂质会影响化合物的峰形，硅胶表面的金属含量高会影响碱性化合物的峰形，易发生拖尾。
2、色谱柱尺寸填料床的长度和内径，增加色谱柱长度，可以在一定程度上提高柱效，但也会升高压力和导致峰展宽；宽柱径，提高载样量，但也会增加横向扩散，同样会导致峰展宽。窄柱径可以节约溶剂，可减少横向扩散，但压力较大，对系统要求较高。
3、 颗粒形状及粒径球形颗粒柱效高、重现性好、柱床结构均匀，不规则形柱床结构不均匀、流动相线速度不均匀，容易谱带展宽；平均颗粒直径，粒径越小，柱效越高，柱压也越高。粒径分布越广则柱效越低，压力越大。
4、 颗粒表面积：颗粒外表面和内部孔表面的总和，以m2/g表示，相对而言高表面积对样品具有较强的保留能力，更大的柱容量和分离度。而低表面积能更快达到平衡状态，更适合梯度洗脱程序。
5、 孔径：颗粒的孔或腔的平均尺寸，范围是80~300?，大孔径的填料颗粒可以延长大分子溶质在填料表面的滞留时间，改善分离，所以大孔径填料适合分离大分子化合物或者水动力体积较大的分子。
二、化学因素：
1、键合类型及键合相：键合相分子与基体单点相连为单体键合，这种键合方式可以提高传质速率，缩短柱平衡时间，；聚合体键合为键合相分子与基体多点相连，这种键合方式可以增加色谱柱稳定性，增加载样量。而键合相不同会直接影响化合物的保留行为。
2、碳覆盖率：高碳覆盖率可以提高分辨率和重现性，但分析时间长。
3、封端：硅胶键合相填料中有部分未封端的残留硅羟基，如图封端可以减轻待测组分与硅胶表面残留的酸性硅羟基反应，改善保留和峰行，这对于碱性化合物尤其重要。而不同的封端技术也会直接影响色谱柱的效能。
参考资料来源：百度百科——色谱柱