上海市商用房改公寓目前不合法。商用房和公寓在土地使用性质、产权年限、生活成本等方面都有不同。商用房的土地使用年限一般为40或50年，而公寓的土地使用年限为70年。此外，商用房的水电费按照商业标准收取，通常比公寓的民用收费标准要高。因此，将商用房改为公寓涉及到土地使用性质、产权年限、收费标准等多方面的变更，需要得到相关政府部门的批准。
在目前的法规和政策下，未经许可将商用房改为公寓是违法的。上海市政府和相关部门一直在严格执行房地产市场调控政策，包括对商用房和公寓的明确规定和管理。如果开发商或业主私自进行改装和改变用途，可能会面临罚款、收回土地、拆除建筑等处罚。
但也要注意到，政策和市场都是动态变化的。在未来，随着市场需求和政策调整，商用房改公寓的合法性可能会发生变化。例如，如果政府出台了新的政策允许或规范商用房改公寓的行为，那么这