全书共分七章，分别写了最高统治者万历皇帝、大学士申时行、首辅张居正、模范官僚海瑞、自由派知识分子李贽、抗倭英雄戚继光等。
同时，也写了他们之间存在的重重矛盾，如皇帝与群臣的矛盾，保守派与自由派的矛盾，官员与官员之间的矛盾等等。
《万历十五年》从“大历史观”的研究视角出发，选取了明朝万历十五年（1587年）作为考察切入点，运用历史小说的叙事模式和传记体式的章节，通过对关键历史人物悲惨命运的描述，探析了晚明帝国走向衰落的深刻原因。
这充分体现了作者的大历史观，即宏观的、系统的历史，也即“从技术的角度看待历史”。
主要思想
《万历十五年》以1587年为关节点，在历史的脉络中延伸，从政治、经济、军事等各个方面的历史大事与人物着手，记叙了明朝中晚期的种种社会矛盾和开始走向衰败的迹象。
作者指出，“这些事件，表面看来虽似末端小节，实质上却是以前发生大事的症结，也是将在以后掀起波澜的机缘。其间关系因果，恰为历史的重点”。正是从这些细枝末节的中，作者认识到，万历十五年是明朝甚至是整个中国封建社会走向灭亡的转折点，是历史的关节点。
《万历十五年》是由美籍华人学者黄仁宇写的一本好书，自1979年首次在美国出版后广受好评。全书共讲述了六个人物——一个皇帝（万历）、两任元辅大学士（张居正、申时行）、一个模范官僚（海瑞）、一个杰出孤独的将领（戚继光）、一个自相冲突的哲学家李贽。通过他们的人生轨迹窥探了当时的时代兴衰。作者独到的观点以及结合世界历史的角度确实令人惊叹。
最后，从作者的大历史观得出结论：1587年，即万历十五年，表面上无事可记，然而四海升平的表面之下，千年帝国崩溃的隐患早已埋下。
书中所述的人物都是悲剧性结局（皇帝也不例外），明朝从朱元璋称帝的1368年到灭亡的1644年存在了两百七十六年，结合中国历史从秦始皇开始中国封建制度已经快两千个年头了。而万历皇帝是明朝在位时间最长的皇帝，而且文化程度来说也算是所有皇帝中最高的。《万历十五年》的历史，也是失败的历史！
其著作主旨在书中末段提出：“当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。
即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。”当帝国将道德大旗高高树起的时候，大明王朝其实注定要走向末路，技术上、行政上没有一丝改进空间，用粗线条的道德来改进，社会的进步，必然受到约束。
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