公司扣了社保但没交费，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解。调解不成，当事人一方请求仲裁的，可以向
劳动争议仲裁委员会申请仲裁。一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
一、公司扣了社保但没交费
如果公司扣除社保但未缴纳，员工可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门将责令其限期缴纳；逾期付款，可以收取滞纳金。
《劳动法》第一百条：用人单位无故不缴纳
社会保险费的，由劳动行政部门责令限期缴纳；逾期付款，可以收取滞纳金。法律依据：如果公司扣除社保但未缴纳，员工可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门将责令其限期缴纳；逾期付款，可以收取滞纳金。
二、公司扣了社保但没交费后果
对逾期未缴纳社会保险的用人单位的处罚：用人单位逾期未缴纳或者补缴社会保险费的，社会保险费征缴机构可以查询其在银行及其余金融机构的存款账户；也可以向县级以上有关行政主管部门申请作出社会保险费分摊决定，并书面通知其银行或其余金融机构进行社会保险费分摊；用人单位账户余额少于应当缴纳的社会保险费的，社会保险费征缴机构可以要求用人单位提供担保并签订延期缴纳协议。
综上所述，公司扣了社保不按时缴纳员工社保是违法的，可以向社保管理局申诉。《
社会保险法》第五十八条用人单位应当自用工之日起30日内向社会保险经办机构为其职工办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，社会保险经办机构应当核定其应当缴纳的社会保险费。