法律分析：工程结算纠纷的处理，以预算部为主，其它部门配合完成。
法律依据：《湖北省建筑市场管理条例》 第三十五条 工程造价管理机构可以接受发包承包双方委托，进行建设工程造价纠纷的调解。
住建部 《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》 第四条 国务院住房城乡建设主管部门负责全国工程发承包计价工作的管理。县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门负责本行政区域内工程发承包计价工作的管理。其具体工作可以委托工程造价管理机构负责。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》 第十六条 当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。